5、转载 bwa的使用方法

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml

http://www.plob.org/?p=25

bwa的使用需要两中输入文件：

  1. Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna）
  2. Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)

step 1: 建立 Index
根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File


bwa index -a bwtsw reference.fa

bwa index 指令更多的用法及 options，通过以下的命令来查看


bwa index

step 2: 寻找 SA coordinates
如果是pair-end 数据（leftRead.fastq和rightRead.fastq）两个文件分别处理

bwa aln reference.fa leftRead.fastq > leftRead.sai

bwa aln reference.fa rightRead.fastq > rightRead.sai

bwa aln reference.fa singleRead.fastq > singleRead.sai

如果希望多线程运行，在其中加入 -t这个参数，另外-f这个参数可以指定结果输出文件，如:


bwa aln -c -t 3 -f leftreads.sai reference.fa leftreads.fastq

step 3:转换SA coordinates输出为sam
如果是pair-end数据


bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq

如果是single reads数据


bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq

值此Reads的mapping工作已经完成，关于bwa更详细的用法以及输出结果SAM文件的格式说明，可以参考官方文档.

时间： 2024-07-31 06:44:00

5、转载 bwa的使用方法的相关文章

转载:onCreate（）方法中的参数Bundle savedInstanceState 的意义用法

Activity中有一个名称叫onCreate的方法.该方法是在Activity创建时被系统调用,是一个Activity生命周期的开始.可是有一点容易被忽视,就是onCreate方法的参数saveInsanceState.一般的程序开发中,很少用到这个参数.       onCreate方法的完整定义如下:      public void onCreate(Bundle saveInsanceState){                super.onCreate(saveInsanceSt

【转载】关于对方法实例化的相关感悟以及unity的50个技巧

关于实例化问题的感悟(笔者自悟,大神勿喷) 在之前的程序编写过程中,虽然对相关的方法进行了实例化,但是在运行的时候总是会出现"未将对象引用设置到对象的实例",出现该种问题的原因是由于在实例化后,没有对实例化进行引用赋值,所以导致相关变量无法在其他方法中进行读取,以后需对此谨记. 同时之前浏览过一片大神写过的关于unity相关技巧的文章,笔者觉得受益匪浅,现将链接与原文转载于下,希望可以帮助大家. 使用Unity3D的50个技巧:Unity3D最佳实践 作者:房燕良 关于这些技巧 这些技

（转载）使用Links方法安装Eclipse插件

因为最近在搞前端的东西,需要在Eclipse下安装Spket插件,然而在线安装又连接不起,然后下了个离线的插件包,加到eclipse安装目录下的dropin目录下,怎么都导入不进去,真是尼玛的日了狗了,后来在网上百度了很多方法,都是坑.唯独这一篇博文解决了我的所有疑惑. http://blog.csdn.net/whucyl/article/details/5355492 卧槽,感动的眼泪都留下来了.其实我之前装插件的时候用到了这种方法,只是时间太久我给忘了,所以这就体现了随笔的重要性啊!所以赶

转：bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以

[转载]Tortoise SVN使用方法，简易图解

刚到公司实习,为了版本控制,我公司使用SVN控制版本,在此记下SVN使用方法,仅供参考! 废话少说,上图! -------------------------------------------------------我是分割线-------------------------------------------------------------------------------------- 首先就是安装程序啦,这就不用讲解了吧! -----------------------------

bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以

[转载]OpenWrt增加软件包方法

http://blog.chinaunix.net/uid-10429687-id-3374873.html OpenWrt是一个比较完善的嵌入式Linux开发平台,在无线路由器应用上已有100多个软件包.人们可以在其基础上增加软件包,以扩大其应用范围.OpenWrt在增加软件方面使用极其方便,按照OpenWrt的约定就可以很简单完成. 加入的软件包可以是网上可下载的开源软件或自行开发的软件.為加入软件包需要在package目錄下创建一个目录,以包含软件包的各种信息和与OpenWrt建立联系的文

转载:我的睡觉方法

在<我的学习方法>一文中提到要写一片关于提高睡觉质量的文章.因为最近(tuo)工作(yan)忙(zheng)一直拖到现在,不能再拖了.声明,本人只是一只程序猿而非医生或心理学家,本文介绍的方法,是本人自己根据相关书籍和文章总结尝试的一套适合自己的方法,并非适合所有人.对于此方法仅供参考,如有雷同,不是巧合. 睡觉的重要性都知道,这里就不说了.有越来越多的人开始关注如何提升自己或他人的睡眠质量,并且有了睡眠相关的穿戴设备.智能枕头.睡眠app等产品,这是一个好现象.作为一个把咖啡和面包转化成代码

(转载)Spring的refresh()方法相关异常

如果是经常使用Spring,特别有自己新建ApplicationContext对象的经历的人,肯定见过这么几条异常消息:1.LifecycleProcessor not initialized - call 'refresh' before invoking lifecycle methods via the context: ......2.BeanFactory not initialized or already closed - call 'refresh' before accessi