http://www.th7.cn/db/mysql/201408/66064.shtml
在CentOS上把MySQL从5.5升级到5.6
摘要：本文记录了在CentOS 6.3上，把MySQL从5.5.28升级到5.6.19的过程。
1. 概述
在我做的一个项目中，最近我对生产服务器上的一系列系统软件进行了升级，包括git、nginx、MySQL和PHP。这篇文章讲的是升级MySQL的过程，其他软件的升级将在其他文章中介绍。
在我加入这个项目之前，网络服务器MySQL已经安装设置好了，我只是正常使用而已。现在过去1年了，应该适当升级服务器上的软件了。升级这种事情是应当经常做的，倒不是为了追最新版本，而是当正式版本发放出来的时候，应该及时更新， 以便获得最新的更正、补丁，避免服务器上的漏洞，减少安全隐患。
升级是在今年6月12日进行的，到今天才有空做个记录，便于日后参考。
动手之前，查找了很多资料，因为MySQL要比之前升级的Git和Nginx要复杂多了。我在参考资料中列出了我所能找到作为依据的文档，可供参考。
2. 计划
我们使用的服务器是阿里云的，服务器的操作系统是CentOS 6.3。登录管理界面，发现共有两块物理硬盘，一块系统盘，一块数据盘，而我们只使用了系统盘，数据盘一直空着没用。所以，计划就变成：
- 加载数据硬盘
- 升级MySQL的同时，迁移MySQL数据到数据硬盘上。
3. 加载数据硬盘
下面的操作需要以超级管理员root的身份登录服务器进行操作。
3.1 查看硬盘
首先，查看硬盘使用情况：
# fdisk -lDisk /dev/xvda: 21.5 GB, 21474836480 bytes255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylindersUnits = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytesSector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytesI/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytesDisk identifier: 0x00000000 Device Boot Start End Blocks Id System/dev/xvda1 * 1 2550 20480000 83 Linux/dev/xvda2 2550 2611 490496 82 Linux swap / SolarisDisk /dev/xvdb: 21.5 GB, 21474836480 bytes255 heads, 63 sectors/track, 2610 cylindersUnits = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytesSector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytesI/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytesDisk identifier: 0x00000000# df -hFilesystem Size Used Avail Use% Mounted on/dev/xvda1 20G 9.4G 11G 48% /tmpfs 498M 0 498M 0% /dev/shm
可以看到，逻辑盘/dev/xvda1是位于根目录(/)，/dev/xvda2是系统缓存(swap)。第二块物理硬盘/dev/xvdb的大小是21.5 GB，没有加载和使用，我们可以把它加载，并把MySQL的数据迁移到第二块物理硬盘上，把对系统盘和数据库的硬盘访问分流，希望这样一定程度上可以提高访问MySQL数据库的性能。
3.2 格式化数据硬盘
格式化第二块物理硬盘：
# mke2fs -j /dev/xvdbmke2fs 1.41.12 (17-May-2010)Filesystem label=OS type: LinuxBlock size=4096 (log=2)Fragment size=4096 (log=2)Stride=0 blocks, Stripe width=0 blocks1310720 inodes, 5242880 blocks262144 blocks (5.00%) reserved for the super userFirst data block=0Maximum filesystem blocks=4294967296160 block groups32768 blocks per group, 32768 fragments per group8192 inodes per groupSuperblock backups stored on blocks: 32768, 98304, 163840, 229376, 294912, 819200, 884736, 1605632, 2654208, 4096000Writing inode tables: doneCreating journal (32768 blocks): doneWriting superblocks and filesystem accounting information: doneThis filesystem will be automatically checked every 24 mounts or180 days, whichever comes first. Use tune2fs -c or -i to override.
格式化顺利完成。
3.3 加载数据硬盘
下面，加载第二块物理硬盘为/data目录：
# mount /dev/xvdb /data
这个命令没有反馈，当时我有点儿吃惊和失落。因为这许多命令我也都是第一次从网上查到，第一次使用，对于它们的输出和结果，都有一种第一次坐过山车般的期待、兴奋、好奇和不确定，每一次的输出对于我都是新的，你不知道翻过面前这个坡之后会出现什么！
再用下面的命令查看新的逻辑盘：
# df -khFilesystem Size Used Avail Use% Mounted on/dev/xvda1 20G 9.3G 11G 48% /tmpfs 498M 0 498M 0% /dev/shm/dev/xvdb 20G 173M 19G 1% /data
可以看到/dev/xvdb是第二块物理硬盘！激动，成功了！
用下面的命令查看加载(mount)的类型：
# mount/dev/xvda1 on / type xfs (rw)proc on /proc type proc (rw)sysfs on /sys type sysfs (rw)devpts on /dev/pts type devpts (rw,gid=5,mode=620)tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw)none on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw)/dev/xvdb on /data type ext3 (rw)
到这里，第二块物理硬盘加载成功，下面该yum出场了。
4. 升级MySQL的计划
不好意思，yum同学，编剧说你还要等下一幕。
升级MySQL时，又做了两个计划：
- 当然，首先要备份所有的数据库数据
- 计划A: 使用参考资料[6]的方法，添加安装库，用yum update升级
- 计划B:用yum卸载MySQL 5.5，再安装MySQL 5.6
5. 计划A: yum update
下面大部分命令都需要在超级管理员root的权限下运行。
5.1 备份所有的数据库
用mysqldump来备份所有的数据库数据：
# mysqldump -u <db管理员用户名> -p --all-databases > 2014-06-12_all-db.sql
会提示输入密码，然后2014-06-11_all-db.sql就是备份数据，如果不想放在当前目录下，可以在上面的命令行上指定路径。
当然，也建议你单独备份每个用户数据库：
# mysqldump -u <db管理员用户名> -p mydb > 2014-06-12_mydb.sql
妥善保存这些非常重要的数据库备份文件。
5.2 查看MySQL的版本
用下面的命令查看MySQL的版本：
# mysql --versionmysql Version 14.14 Distrib 5.5.28, for Linux (x86_64) using reeadline 5.1
可见，当前的MySQL的版本是5.5.28。
5.3 添加MySQL的yum安装库
这是参照参考资料[7]来做的，后来发现[6]的方法更好：
# wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm# rpm -ivh mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm# yum list | grep mysql
这样很多更新的MySQL安装包就都有了。
如有必要，运行下面的命令确保yum安装库是最新的：
# yum update mysql-community-release
5.4 用yum查看MySQL安装相关信息
用下面的命令查看安装了什么：
# yum list installed | grep ^mysqlmysql-community-release.noarch
其中，^mysql是指以mysql开头的安装包。
用下面的命令查看安装了的和可用的安装包：
# yum info mysql-serverInstalled PackagesName : MySQL-ServerArch : x86_64Version : 5.5.28Release : 1.linux2.6Repo : installedAvailable PackagesName : mysql-serverArch : x86_64Version : 5.1.73Release : 3.el6_5Repo : updates
这里不知道为啥可用的安装包没有显示MySQL 5.6的。
检查可用的安装包：
# yum check-update mysql-serverObsoleting Packagesmysql-community-client.x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community MySQL-client.x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installedmysql-community-devel.x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community MySQL-devel.x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installedmysql-community-server.x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community MySQL-server.x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installed
可见，MySQL 5.6的安装包都算community版本了。
5.5 升级MySQL及其组件
运行下面的命令：
# yum update mysql-serverDependencies Resolved================================================================================ Package Arch Version Repository Size================================================================================Installing: mysql-community-client x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 18 M replacing MySQL-client.x86_64 5.5.28-1.linux2.6 mysql-community-server x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 52 M replacing MySQL-server.x86_64 5.5.28-1.linux2.6Installing for dependencies: mysql-community-common x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 298 k mysql-community-libs x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 1.9 MTransaction Summary================================================================================Install 4 Package(s)
后面的输出省略了。可见有4个安装包(共70多MB)要下载、安装。结果，下载用了80分钟。
但安装遇到问题了：
Running rpm_check_debugRunning Transaction TestTransaction Check Error: file /usr/bin/mysql_config from install of mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64 conflicts with file from package MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86)64Error Summary-------------
可以看到出错了，搜索了一阵儿，也没搞明白。随即停止A计划(和成龙的电影没关系)，改用B计划。
6. 计划B: 用yum卸载再安装
可以预料，这个计划要多折腾一些。仍然需要在超级管理员root的权限下运行下面的命令。
6.1 停止web服务器
这时为了避免用户访问网站时，看到数据库连接失败这样的错误信息。到这时我才想起这一点来，还是对用户关怀不够，应该在有可能宕掉网站的操作之前就做的。
因为使用的是Nginx，所以运行下面的命令：
# service nginx stop
Stopping nginx: [ OK ]
6.2 卸载MySQL 5.5.28
一共有3个包要卸载。
先卸载mysql-server包:
# yum remove mysql mysql-serverDependencies Resolved================================================================================ Package Arch Version Repository Size================================================================================Removing: MySQL-server x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installed 153 MTransaction Summary================================================================================Remove 1 Package(s)Installed size: 153 MIs this ok [y/N]: yDownloading Packages:Running rpm_check_debugRunning Transaction TestTransaction Test SucceededRunning TransactionWarning: RPMDB altered outside of yum. Erasing : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1 Verifying : MySQL-server-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1Removed: MySQL-server.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6Complete!
再卸载mysql-client:
# yum remove mysql-clientDependencies Resolved================================================================================ Package Arch Version Repository Size================================================================================Removing: MySQL-client x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installed 57 MTransaction Summary================================================================================Remove 1 Package(s)Installed size: 57 MIs this ok [y/N]: yDownloading Packages:Running rpm_check_debugRunning Transaction TestTransaction Test SucceededRunning Transaction Erasing : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1 Verifying : MySQL-client-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1Removed: MySQL-client.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6Complete!
最后卸载mysql-devel：
# yum remove mysql-develDependencies Resolved================================================================================ Package Arch Version Repository Size================================================================================Removing: MySQL-devel x86_64 5.5.28-1.linux2.6 installed 20 MTransaction Summary================================================================================Remove 1 Package(s)Installed size: 20 MIs this ok [y/N]: yDownloading Packages:Running rpm_check_debugRunning Transaction TestTransaction Test SucceededRunning Transaction Erasing : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1 Verifying : MySQL-devel-5.5.28-1.linux2.6.x86_64 1/1Removed: MySQL-devel.x86_64 0:5.5.28-1.linux2.6Complete!
3个包的卸载都顺利完成。
6.3 安装MySQL 5.6.19
安装比卸载更简单，因为yum会自动检查依赖安装包：
# yum install mysql-serverDependencies Resolved================================================================================ Package Arch Version Repository Size================================================================================Installing: mysql-community-server x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 52 MInstalling for dependencies: mysql-community-client x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 18 M mysql-community-common x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 298 k mysql-community-libs x86_64 5.6.19-2.el6 mysql56-community 1.9 MTransaction Summary================================================================================Install 4 Package(s)Total size: 72 MInstalled size: 323 MIs this ok [y/N]: yDownloading Packages:Running rpm_check_debugRunning Transaction TestTransaction Test SucceededRunning Transaction Installing : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64 1/4 Installing : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64 2/4 Installing : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64 3/4 Installing : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64 4/4warning: /etc/my.cnf created as /etc/my.cnf.rpmnew/bin/chmod: cannot access `‘: No such file or directory Verifying : mysql-community-common-5.6.19-2.el6.x86_64 1/4 Verifying : mysql-community-libs-5.6.19-2.el6.x86_64 2/4 Verifying : mysql-community-client-5.6.19-2.el6.x86_64 3/4 Verifying : mysql-community-server-5.6.19-2.el6.x86_64 4/4Installed: mysql-community-server.x86_64 0:5.6.19-2.el6Dependency Installed: mysql-community-client.x86_64 0:5.6.19-2.el6 mysql-community-common.x86_64 0:5.6.19-2.el6 mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.19-2.el6Complete!
由于篇幅关系，输出有所缩略。一切顺利，继续！
预告：繁琐的事情这才开始。
6.4 更改MySQL配置，来使用数据硬盘
更改/etc/my.cnf，下面只列出更改的相关设置：
[mysqld]# Uncomment the following if you are using InnoDB tables#innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql# data path changed to 2nd physical hard disk /dev/xvdb after upgrading from MySQL 5.5 to MySQL 5.6innodb_data_home_dir = /data/mysql#innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend#innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysqldatadir = /data/mysql
如果你也更改了数据目录，最后一行的 datadir = /data/mysql 切不可遗漏，我就是因为这一行实际上没有及时改，还是指向旧的数据目录，导致数据升级失败，直到升级数据之后才发现，在下文中有详细论述。
6.5 启动MySQL服务
启动服务：
# service mysql startmysql: unrecognized service
居然出错了！只好直接运行MySQL的daemon：
# /etc/init.d/mysqld startStarting mysqld: [ OK ]
后来才知道，mysql是MySQL 5.5的服务名称，到了MySQL 5.6服务就改名为mysqld了。所以，其实这里可以运行service mysqld start的。
6.6 升级MySQL数据库及表
按照参考资料[6]，到这时，MySQL的程序已经升级完毕，要升级数据了。
先把旧数据目录下的所有文件都拷贝到新的数据目录下。可惜，这里的命令在我的工作日志中没有记录，日后找到再不上。不过这是基本的Linux命令，就算你不知道，也一定能在网上找到。
然后运行下面的命令：
# mysql_upgrade -uroot -pEnter password:Looking for ‘mysql‘ as: mysqlLooking for ‘mysqlcheck‘ as: mysqlcheckRunning ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.mysql.columns_priv OKmysql.db OKmysql.event OKmysql.func OK# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...mysql.time_zone_transition OKmysql.time_zone_transition_type OKmysql.user OKRunning ‘mysql_fix_privilege_tables‘...Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.Running ‘mysqlcheck‘ with connection arguments: ‘--port=<为安全故略去>‘ ‘--socket=/var/lib/mysql/mysql.sock‘Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.mydb.table1 OKmydb.table2 OK# ... ... 为省略篇幅故略去 ... ...mydb.table793 OKmydb.table794 OKOK
到这里发现，数据库有问题，数据升级并未成功。原因就是之前提及的，升级数据时/etc/my.cnf中的数据目录(即datadir = 这一行)还是指向旧的数据目录，我猜想这导致一些操作发生了混乱。
这时我感觉到难免的慌张和混乱，之后我做了一些尝试：
- 重复升级数据的过程，结果依旧
- 尝试修复缺失或者损毁的系统数据库中的5个数据表，结果发现文档犹如进入了一个迷宫，不得要领。
不得不就此作罢。
6.7 重新创建数据目录
看起来由于我之前的疏忽，数据库已经在上一步升级数据中被损毁了！
这时候，你能做什么！谷歌(或者百度)就是你当前最好的朋友！
在冒汗和揪头发的折磨中，总算找到了根救命稻草mysql_install_db，详见参考资料[9]，这个命令可以重新创建数据目录，这就意味着重新创建系统数据库mysql，也意味着现有的用户数据库都将被清除。这时，你会感谢上帝、佛祖、圣母和玉皇大帝，如果你在最开始对所有的数据库做了备份的话。回头看一下我们在5.1 备份所有的数据库做的事情，就知道这是多么重要了！有了备份，我们就可以恢复所有的数据库了！
先要做的，是在MySQL的配置文件中设置正确的数据目录。再次更改/etc/my.cnf，下面只列出更改的相关设置：
[mysqld]datadir = /data/mysql
然后，祭出我们的救命稻草mysql_install_db来重新创建数据目录(如果你想知道该命令的详细参数，可见参考资料[9])：
# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysqlInstalling MySQL system tables...2014-06-13 00:35:17 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.32014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 441990932014-06-13 00:35:17 11574 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/innodb_table_stats from the internal data dictionary of InnoDB though the .frm file for the table exists. See http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/innodb-troubleshooting.html for how you can resolve the problem.ERROR: 1146 Table ‘mysql.innodb_table_stats‘ doesn‘t exist2014-06-13 00:35:17 11574 [ERROR] Aborting2014-06-13 00:35:17 11574 [Note] Binlog end2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.2014-06-13 00:35:18 11574 [Note] InnoDB: Starting shutdown...2014-06-13 00:35:19 11574 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 441991032014-06-13 00:35:19 11574 [Note] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete
又出错了！别慌，这是因为数据目录并未清空，其中还有之前损毁的数据库文件。
删除当前的数据目录。我实际做的是把 /data/mysql 改名为 /data/mysql.bak2，效果一样，/data/mysql 目录不存在了，只是我做了个物理文件备份。
再次重建数据目录：
# /usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/data/mysqlInstalling MySQL system tables...2014-06-13 00:46:06 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.32014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: The first specified data file /data/mysql/ibdata1 did not exist: a new database to be created!2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting file /data/mysql/ibdata1 size to 12 MB2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Database physically writes the file full: wait...2014-06-13 00:46:06 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile101 size to 48 MB2014-06-13 00:46:07 11654 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile1 size to 48 MB2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Renaming log file ./ib_logfile101 to ./ib_logfile02014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=457812014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer created2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.2014-06-13 00:46:09 11654 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Foreign key constraint system tables created2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Creating tablespace and datafile system tables.2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Tablespace and datafile system tables created.2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start2014-06-13 00:46:09 11654 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 02014-06-13 00:46:10 11654 [Note] Binlog end2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.2014-06-13 00:46:10 11654 [Note] InnoDB: Starting shutdown...2014-06-13 00:46:12 11654 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625977OKFilling help tables...2014-06-13 00:46:12 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using atomics to ref count buffer pool pages2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.32014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: 5.6.19 started; log sequence number 16259772014-06-13 00:46:12 11678 [Note] Binlog end2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.2014-06-13 00:46:12 11678 [Note] InnoDB: Starting shutdown...2014-06-13 00:46:14 11678 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 1625987OK
后面还有一些输出，只是一些说明，关于如何准备MySQL的服务、如何设置管理员密码、等等。
好了，到这里，看起来总算恢复都正常了。
继续，设置管理员密码：
# mysqladmin -u root password ‘********‘
6.8 恢复用户数据库
这时，只是重建了系统数据库mysql，原先的用户数据库都没了。要先创建(空的)用户数据库，然后从备份恢复。
进入MySQL命令行：
# mysql -u root -pEnter password:Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or /g.Your MySQL connection id is 7Server version: 5.6.19 MySQL Community Server (GPL)
再创建用户数据库：
mysql> CREATE DATABASE `mydb`;Query OK, 1 row affected (0.00 sec)mysql> exitBye
这时，mydb数据库还是空的。从之前的数据库备份恢复mydb：
# mysql -u root -p mydb < 2014-06-12_mydb.sqlEnter password:
用户数据库顺利恢复。
6.9 设置服务(daemon)在机器启动时启动
开启mysqld服务的开机启动状态：
# chkconfig mysqld on
再查看：
# chkconfig --list mysqldmysqld 0:off 1:off 2:on 3:on 4:on 5:on 6:off
正确！继续。
6.10 重启web服务器
对应于6.1 停止web服务器，我们要再次开启网站、允许用户访问了：
# service nginx startStarting nginx: [ OK ]
测试网站，一切正常！
6.11 修改CakePHP中数据库连接的设置
其实网站还有点儿小问题，不过这和MySQL升级无关，只是作为完整的实际过程，记录在这里。
实际上这时还是无法访问网站的，访问网站主页时遇到下面的错误：
2014-06-13 01:07:23 Warning: Warning (2): mysql_connect() [<a href=‘http://php.net/function.mysql-connect‘>function.mysql-connect</a>]: No such file or directory in [/usr/share/nginx/.../cake/libs/model/datasources/dbo/dbo_mysql.php, line 561]
根据参考资料[11]，修改CakePHP 1.3代码中的app/config/database.php:
class DATABASE_CONFIG { public $default = array( ‘datasource‘ => ‘Database/Mysql‘, ‘persistent‘ => false, ‘host‘ => ‘localhost‘, ‘login‘ => ‘username‘, ‘password‘ => ‘password‘, ‘database‘ => ‘mydb‘, ‘prefix‘ => ‘‘ ,‘encoding‘ => ‘utf8‘ ,‘port‘ => ‘/data/mysql/mysql.sock‘ );
如上所示，增加了port的设置。注意，这只适用于*nix系统，Windows上是不需要这样的。另，CakePHP 2.x的设置与此略有不同，请参考相关文档。
这样网站就能正常访问了。
A. 参考资料
- 阿里云,盛大云安装LUM 硬盘加载方法说明
http://www.zijidelu.org/thread-47267-1-1.html - 阿里云新购买的linux数据盘，加载方法
http://blog.sina.com.cn/s/blog_467eb8ca0101mniu.html - ext3 or ext4 how to check which one am using?
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1284789 - 在阿里云Linux服务器上安装MySQL
http://www.blogjava.net/amigoxie/archive/2013/02/22/395605.html - Basic Yum Commands and how to use them
http://yum.baseurl.org/wiki/YumCommands - Using the MySQL Yum Repository :: 3 Upgrading MySQL with the MySQL Yum Repository
http://dev.mysql.com/doc/mysql-repo-excerpt/5.6/en/updating-yum-repo.html - [研究] MySQL Community 5.6.15 版安裝(yum) (CentOS 6.5 x64)
http://shaurong.blogspot.sg/2014/01/mysql-community-5615-tgz-centos-65-x64.html - How to upgrade MySQL 5.5 to MySQL 5.6 on CentOS 6.3/Red-hat/Fedora
http://opensourcedbms.com/dbms/how-to-upgrade-mysql-5-5-to-mysql-5-6-on-centos-6-3-red-hat-fedora/ - MySQL 5.6 Reference Manual :: 4.4.3 mysql_install_db — Initialize MySQL Data Directory
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/mysql-install-db.html - mysql_install_db: How to set the root password
http://dba.stackexchange.com/questions/31308/mysql-install-db-how-to-set-the-root-password - CakePHP: No such file or directory (trying to connect via unix:///var/mysql/mysql.sock)
http://stackoverflow.com/questions/3968013/cakephp-no-such-file-or-directory-trying-to-connect-via-unix-var-mysql-mysq