Linux和Windows系统的显着区别之一就是目录结构的不同,Linux的目录结构遵循文件系统层级结构标准。Linux的目录结构比较复杂，但设置合理、层次鲜明。我们可以将整个Linux文件系统看做一棵树，这棵树的树根叫做根目录，用/表示。本文将详解Linux的目录结构及及其存放内容。
根目录有以下子目录：
/bin：该目录中存放了供所有用户使用的完成基本维护任务的命令。其中bin是binary的缩写，表示二进制文件，通常为可执行文件。一些常用的系统命令，如cp、ls等保存在该目录中。
/boot：该目录存放着Linux系统启动时需要加载的一些核心文件(LILO或GRUB)，包括一些连接文件以及镜像文件。
/dev：dev是Device的缩写，该目录包含了Linux使用的所有系统设备文件，如CD-ROM，磁盘驱动器，调制解调器和内存等。系统设备都被看做文件，从该目录可以访问各种系统设备。在该目录中还包含有各种实用功能，如用于创建设备文件的MAKEDEV。
/etc：该目录中包含系统和应用软件的配置文件，也包含启动、关闭某个特定程序的脚本。
/etc/passwd：该目录中包含了系统中的用户描述信息，每行记录一个用户的信息。
/home：该目录是存储普通用户的个人文件。在Linux中，每个用户在/home下都有一个以自己的账号命名的主目录，用来存放该用户的数据。
/lib：这个目录里存放着Linux系统最基本的共享链接库和内核模块，共享链接库在功能上类似于Windows里的.dll文件，，几乎所有的应用程序都会用到该目录下的库文件。
/lib64：Linux 64位系统有这个文件夹，64位程序的库。
/lost+found：这并不是Linux目录结构的组成部分，而是ext3文件系统用于保存丢失文件的地方。不恰当的关机操作和磁盘错误均会导致文件丢失，这意味着这些被标注为“在使用”，但却并未列于磁盘上的数据结构上。正常情况下，引导进程会运行fsck程序，该程序能发现这些文件。除了“/”分区上的这个目录外，在每个分区上均有一个lost+found目录。该目录在一般情况下都是空的。当突然停电或者Linux非正常关机后，有些文件就临时存放在这里。
/misc：misc意思是杂物箱，该目录可以让多用户堆积和临时转移自己的文件。
/media：该目录是可移动设备的挂载点，Linux系统通常会把U盘等设备自动挂载到该目录下。
/mnt：该目录是用于临时挂载文件系统的地方。一般情况下这个目录是空的，而在我们将要挂载分区时在这个目录下建立目录，再将我们将要访问的设备挂载在这个目录上，这样我们就可以访问设备里面的文件了。
/opt：多数第三方软件默认安装到这个目录，如Adobe Reader、google-earth等。所以你没有安装此类软件时它是空的。并不是每个系统都会创建这个目录。
/proc：它是存在于内存中的虚拟文件系统，里面包含了内核和进程的状态等系统信息，多为文本文件，可以直接查看。如/proc/cpuinfo保存了有关CPU的信息。这些信息是在内存中由系统产生的，该目录的内容不在硬盘上而在内存里。
/root：根用户(也叫超级用户或系统管理员)的Home目录，用来存放根用户的个人文件。
/sbin：s就是super user的意思，里面存放着供根用户使用的可执行文件，多是系统管理命令，如fsck, reboot, shutdown, ifconfig等，用于系统维护。
/selinux：该目录是Redhat/CentOS所特有的目录，Selinux是一个安全机制，类似于windows的防火墙，但是这套机制比较复杂，这个目录就是存放selinux相关文件的。
/srv：该目录存放着一些服务启动之后需要提取的数据。
/sys：该目录下安装了2.6内核中新出现的一个文件系统sysfs，sysfs文件系统集成了下面3种文件系统的信息：针对进程信息的proc文件系统、针对设备的devfs文件系统以及针对伪终端的devpts文件系统。该文件系统是内核设备树的一个直观反映。当一个内核对象被创建的时候，对应的文件和目录也在内核对象子系统种被创建。这是linux2.6内核的一个很大的变化。
/tmp：该目录用以保存不同程序执行时产生的临时文件。该目录具有Sticky特殊权限，所有用户都可以在这个目录中创建、编辑文件。但只有文件拥有者才能删除文件。为了加快临时文件的访问速度，有的实现把/tmp放在内存中。
/usr：usr最早是user的缩写，目前其通常被认为是User System Resources的缩写，该目录通常存放用户级的应用软件等，类似与windows下的program files目录。
/usr/bin：存放多数日常应用管理程序和系统守护程序，是对/bin的补充。
/usr/include：存放系统C/C++头文件的目录。
/usr/lib：存放系统的库文件。
/usr/local：包含了用户编译源代码安装的应用程序,安装了软件的/usr/local里的目录结构与/usr相似。
/usr/local/bin：可能是用户安装的小的应用程序，和一些在/usr/local目录下大应用程序的符号连接。
/usr/sbin：在单用户模式中不用的系统管理程序，如apache2等。
/usr/share：与架构无关的数据,多数软件安装在此。
/usr/src：存放Linux内核源代码。
/usr/X11R6：保存运行X-Window所需的所有文件，该目录中还包含用于运行GUI要的配置文件和二进制文件。
/var：该目录是一个不断增长的目录，存放那些经常被修改的一些数据文件，包括各种日志文件。
/var/cache：应用程序的缓存文件
/var/lib：应用程序的信息、数据。如数据库的数据等都存放在此文件夹。
/var/local：/usr/local中程序的信息、数据
/var/lock：锁文件
/var/log：日志文件
/var/opt：/opt中程序的信息、数据
/var/run：正在执行着的程序的信息，如PID文件应存放于此
/var/spool：存放程序的假脱机数据（即spool data）
/var/tmp：临时文件
在linux系统中，有几个目录是比较重要的，平时需要注意不要误删除或者随意更改内部文件。
/etc：上边也提到了，这个是系统中的配置文件，如果你更改了该目录下的某个文件可能会导致系统不能启动。
/bin、/sbin、/usr/bin、/usr/sbin：这是系统预设的执行文件的放置目录，比如 ls 就是在/bin/ls 目录下的。值得提出的是/bin、/usr/bin 是给系统用户使用的指令（除root外的通用户），而/sbin, /usr/sbin 则是给root使用的指令。
/var：这是一个非常重要的目录，系统上跑了很多程序，那么每个程序都会有相应的日志产生，而这些日志就被记录到这个目录下，具体在/var/log 目录下，另外mail的预设放置也是在这里。
参考资料：