物种基因组发表网址ftp

1挪威云杉Norway spruce

Nystedt B, Street N R, Wetterbom A, et al. The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution.[J]. Nature, 2013, 497(7451):579.

http://congenie.org/
ftp://plantgenie.org/Data/ConGenIE/Picea_abies/v1.0/FASTA/GenePrediction/

2银杏Ginkgo biloba

Rui G, Zhao Y, He Z, et al. Draft genome of the living fossil Ginkgo biloba[J]. Gigascience, 2016, 5(1):49.

http://gigadb.org/
ftp://penguin.genomics.cn/pub/10.5524/100001_101000/100209/

时间: 2024-11-05 05:23:08

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基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列 这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov

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