我们目前对.NET的理解大部分可以归纳为：起初它是Java平台（注意是平台，不要跟Java语言搞混淆）的一个克隆品，后来慢慢演变，有了自己的特性。由于Java平台最显著的特点就是“平台独立性”（或者说不知道谁发明的Write once，Run anywhere这个话）。理论上，你可以写一个程序编译完后，跑在任何一个安装有JVM的操作系统上。大部分人认为.NET的出现是效仿Sun公司的这个伟大的概念——平台独立性，从而与Java抗衡。再后来又有一些人不知道从哪得出的结论说，就算有像Mono这样的非Windows平台.NET CLR，也有好多.NET程序不能移植到其他操作系统中，比如Winform几乎不能通过Mono移植到Linux上去，因此得出一个骇人听闻的结论：微软连模仿都没模仿完整，居然是伪跨平台。
以上就是目前我见过的最多的结论：.NET致命的弱点，就是它不是真正的跨平台。为此，我有以下几点说明：
（1）.NET平台出现的意义不是支持跨平台，它出现的目的只是优化传统的Windows开发模式，使Windows开发更加方便快捷。它解决了COM时代的Dll Hell问题（.Net程序集版本控制），集成了多种语言（方便各种各样的程序员），每种语言编写的组件（程序集）之间可以毫无障碍地通讯，集合Object-Oriented和Component-Oriented于一体，你可以从一个组件（dll）中派生出一个新的类型而不需要该类型的所有源码（这个UnManaged时代不可能有），真正的实现了二进制兼容性（你改动程序集中的某一个公开成员，如果使用这个程序集的客户端程序没有使用到这个公开成员，那么客户端完全不需要重新编译），提供C++中没有的内存管理，支持异常处理等等。严格来说，微软发布.NET的第一天就是为了它的Windows，就没打算让你写的程序跑在其他操作系统之上（微软到目前为止还没有发布官方的非Windows平台的.NET CLR）。
（2）再说Java平台和.NET两者追求的目标，前者从出现开始就认为：在互联网世界中，我要让一种语言跑在任何一个操作系统中；而后者则认为：在互联网世界中，我要让所有的语言都跑在同一个操作系统中（Windows）。两个平台从一开始设计的目的就不一样。
（3）两者强调的重点不同：
如上图，红色部分都是其他人扩展出来的功能。
（4）上面3中所述，两者平台结构类似，我不清楚微软到底有没有剽窃Java，但可以肯定的是如果两者东家原意，两个平台都是可以做到“跨平台”和“支持多语言”的。 至于为什么说使用Mono还不能把有些.NET程序移植到Linux，这个很容易解释，微软本来就没打算将.NET程序移植到其他平台，.NET中包含的一些丰富框架都是与Windows紧密相关的，你使用了这些框架，是很难再把它们翻译成非Windows平台中可以执行的代码。而且，Java也并不是完全的跨平台，跟你开发实际用到的框架有关。出现以上不能移植的情况，关键有两个地方，一个是你开发时使用的框架，一个是CLR（或者JVM），要看后者到底有没有能力把前者翻译成对应平台的可执行代码。
综上，两个平台的侧重点不同。
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2014年11月17日更新：
以上是之前写的一篇博客。就目前微软决定.NET开源后，并支持多平台。那么3）中那幅图左边红色部分不再是意淫出来的产物。
以上一点拙见，话题较敏感，勿喷。