处理医学图像的一个难题在于 坐标系的不一致。
1. 世界坐标系; 2. 解剖学坐标系(病人坐标系); 3. 图像坐标系 这些坐标系以不同的方式呈现它们的数据;
2. 解剖学坐标系(病人坐标系)
(1) 横断面(The axial plane): 与地面是平行的那个面。将人分成上身(superior)和下身(inferior)两个部分;
(2) 冠状面(The coronal plane): 与地面垂直,将人体分割前后(Anterior and Posterior)两个部分;
(3) 矢状面(The sagittal plane): 与地面垂直,将人体分割成左右(left and right)两个部分;
在这个空间中,图像被采样;
这六个方向,那个为正方向,哪个为负方向???
#1: LPS为正(用于Dicom图像与itk工具包;)
#2: RAS为正(正好在LPS对面, 用于3D Slice软件)
这两种坐标没有什么根本区别,在处理时候,需要知道图像引用了哪种坐标系;
3. 图像坐标系
医学扫描仪器 创建了规则的点和网格的矩阵数组,它的原点在左上角;除了每个体素的强度值,图像在解剖学坐标系里面的原点以及间距也被保存了下来;
这个原点代表图像第一个体素voxel(0,0,0)在解剖学坐标系中的位置,如(100mm, 50mm, -25mm);
这个间距指定体素的采样点在解剖学坐标系中的实际间距; 例如(1.5mm(spacing[0]), 0.5mm(spacing[1]), 0.5mm(spacing[2]))
如果知道了原点和间距,便可以计算每个体素在解剖学坐标系中的对应位置;(通过仿射变换)
图像坐标上的原点对应解剖学坐标(50, 300), LS上的图像; 间距是(50mm,50mm)
为什么要在最后面加个1, 这是因为图像坐标原点从(0,0)开始的;没有末尾那个1的话,对原点求对应坐标时候,会得到0;