Centos7安装GBrwose

一、GBrowse概述

Generic Genome Browser(GBrowse)是将基因的数据以网页的形式进行动态展示。其特性有：

• 可以概括和细致地看基因的相关信息
• 可以滚动，放大，居中
• 可以使用预置或自己的数据
• 。。。

GBrowse是一个开源软件，以perl为基础的，GBrowse2.x可以通过CAPN的方式进行安装；在Debian系列的系统中可以使用apt-get方式进行安装。

二、安装

安装GBrowse总的来说有两个步骤

1. 安装预备软件，做一些预备工作(准备工作略微复杂)
2. 安装GBrowse

1. 添加EPEL源及跟新Centos的资源库

#安装并启用EPEL源
yum install epel-release
#生成缓存
yum update

2. 安装预备软件

2.1 yum安装方式

# build utilities
yum install make gcc gmp-devel

#Utilities to help with fetching components distributed in source code
yum install wget git

#apache2
yum install httpd mod_fcgid fcgi-perl

# various Perl modules
yum install perl-GD perl-Module-Build perl-CPAN perl-IO-String perl-Capture-Tiny perl-CGI-Session \
            perl-JSON perl-JSON-Any perl-libwww-perl perl-DBD-SQLite perl-File-NFSLock perl-Net-SMTP-SSL \
            perl-Crypt-SSLeay perl-Net-SSLeay perl-Template-Toolkit

# bioperl
yum install perl-bioperl perl-Bio-Graphics

#optionally...
yum install mysql-server mysql-libs perl-DBD-MySQL
yum install postgresql postgresql-server perl-DBD-Pg
yum install inkscape
yum install perl-GD-SVG

2.2 CPAN安装:（推荐使用CPAN的方式）

使用yum安装会出现一些问题:

1. 对于高版本的Centos没有相应的包
2. yum安装的软件版本一般比较低，对于安装一些依赖高版本的软件会出现一些麻烦

#终端输入cpan
cpan
#安装相应的拓展库模块
install GD Module::Build IO::String Capture::Tiny CGI::Session JSON JSON::Any libwww::perl DBD::SQLite File::NFSLock Net::SMTP::SSL Crypt::SSLeay Net::SSLeay Template::Toolkit Bio::Perl Bio::Graphics GD DBD::mysql GD::SVG DBI DBD::Pg Digest::MD5 Statistics::Descriptive Template

注:在CPAN安装过程中可能会报一些test出错的问题，这些并不影响使用，因为有些模块依赖的库有上千个测试中难免会出现错误，所以可以忽略test出现的错误。

3. 安装GBrowse

#未进入CPAN命令行
sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics::Browser2‘

#对于已经进入cpan命令行，直接执行如下命令
install Bio::Graphics::Browser2

安装时会有一些需要自己配置的地方，这里可以直接使用默认的即可

安装GBrowse时可能会报错误，一般是有些依赖没有安装，需要查看提示的安装信息，将软件依次安装即可

三、测试

在浏览器中输入

localhost/gbrowse2

能看到如下的结果就说明距离成功近了

打开测试链接看到如下结果表明安装成功

http://your.host/cgi-bin/gb2/gbrowse/yeast

参考资料：

GBrowse官网: http://gmod.org/wiki/GBrowse

GBrowse Github地址: https://github.com/GMOD/GBrowse

Perl安装BioPerl库网址: http://bioperl.org/INSTALL.html

Linux发行版wikipedia:  https://zh.wikipedia.org/wiki/Linux%E5%8F%91%E8%A1%8C%E7%89%88%E5%88%97%E8%A1%A8

EPEL源: https://fedoraproject.org/wiki/EPEL/zh-cn

CPAN包查询: http://search.cpan.org/

Samtools-序列比对/图谱（SAM）格式的工具箱:http://cncbi.github.io/Samtools-Manual-CN/