在页面中同时存在jquery 和 prototype ，当用到 $ 的时候，难免产生冲突，所以一定要区分开来：
<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
<script type="text/javascript">
j= $;
</script>
<script type="text/javascript" src="prototype.js" ></script>
这样做了以后，在用到jquery 的地方用 j 来替代 $ 符号，而 prototype 的 $ 函数照常使用，当然其实也不用定义“ j= $; ” ，在用到 jquery 的地方直接用 jQuery 来替代 $ 符号也一样的。
$("") 改成jQuery(""); $ 改成 j
我的js包引用方法：
head标签里添加jquery.js, prototype .js放到底部去应用，还有需要强调的一点就是j=$这个js代码jquery.js尽量放在所有js包的最上面，因为后面的js包可能会引用到jquery包，如果不这样做的，会导致后面的js包属性和方法不支持
还有一个冲突网上找到的：Array.prototype.push 方法冲突。转载下：
这个冲突很严重，直接导致jQuery 的级联筛选无效。比如正常情况下，你可以使 用 $("span",$("#main")) 来获取 ID为 main 的元素下面的 span 元素。但如果页面中同时使用了 prototype 框架相关，那抱歉 的很，你永远获取不到了。原因你可以调试跟踪自己查看 jQuery 的源代码。
解决方法：
<script type="text/javascript">
var fnArrayPush = Array.prototype.push;
$().ready(function(){
Array.prototype.push = fnArrayPush;
init();
});
</script>