TopLayer(顶层)画出来的线条是红色，就是一般双面板的上面一层，单面板就用不到这层。
BottomLayer(底层)画出来的线条是蓝色，就是单面板上面的线路这层。
MidLayer1(中间层1)这个是第一层中间层，好像有30层，一般设计人员用不到，你先不用管他，多面板时候用的。默认在99SE中不显示，也用不到。
Mechanical Layers(机械层)（紫红色）用于标记尺寸，板子说明，在PCB抄板加工的时候是忽略的，也就是板子做出来是看不出来的，简单点式注释的意思。
Top Overlay(顶层丝印层)（黄色）就是板子正面的字符，对应TopLayer(顶层)单面板就用到这层字符就可以了， Bottom Overlay(底层丝印层）（褐色）对应BottomLayer(底层)就是板子背面的字符，双面板时候用到以上两层字符。
KeepOutLayer(禁止布线层)（紫红色同机械层）简单说就是板子的边框，外型。
Multi layer(多层)（银色）所有布线层都包括，一般单双面的插件焊盘就在这层，花条线条就是所有层都画上了。
1.TopLayer(顶层)顶层布线层，用来画元件之间的电气连接线。
2.BottomLayer(底层)底层布线层，作用与顶层布线层。
3.MidLayer1(中间层1)作用是在制多层板时在此层也会绘制电气连接线，不过多层板成本比较高。
4.Mechanical Layers(机械层）可用来绘制PCB印制板的外形，及需挖孔部位，也可用来做注释PCB尺寸等，可用来绘制PCB印制板的外形，及需挖孔部位，注意PCB外形，挖空部位和PCB的注释尺寸不要用同一机械层，比如机械层1用来绘制PCB外形及挖空，机械层13用来注释尺寸等，分开后印制板厂家的技术人员会根据此层的东西自己分析是否需要将此层制作出来。
5.Top Overlay(顶层丝印层)（黄色）就是板子正面的字符，对应TopLayer(顶层)单面板就用到这层字符就可以了，Bottom Overlay(底层丝印层）（褐色）对应BottomLayer(底层)就是板子背面的字符，双面板时候用到以上两层字符。
6.KeepOutLayer(禁止布线层）作用是绘制禁止布线区域，如果印制板中没有绘制机械层的情况下，印制板厂家的人会以此层来做为PCB外形来处理。如过KEEPOUT LAYER层和机械层都有的情况下，默认是以机械层为PCB外形，但印制板厂家的技术人员会自己去区分，但是区分不出来的情况下他们会默认以机械层当外形层。
7.Multi layer(多层)（银色）所有布线层都包括，一般单双面的插件焊盘就在这层，花条线条就是所有层都画上了。
一、Signal Layers(信号层)
Protel98、Protel99提供了16个信号层：Top(顶层)、Bottom(底层)和Mid1-Mid14(14个中间层）。
信号层就是用来完成印制电路板铜箔走线的布线层。在设计双面板时，一般只使用Top(顶层)和Bottom(底层)两层，当印制电路板层数超过4层时，就需要使用Mid(中间布线层)。
二、Internal Planes(内部电源/接地层)
Protel98、Protel99提供了Plane1-Plane4(4个内部电源/接地层)。内部电源/接地层主要用于4层以上印制电路板作为电源和接地专用布线层，双面板不需要使用。
三、Mechanical Layers(机械层)
机械层一般用来绘制印制电路板的边框(边界)，通常只需使用一个机械层。有Mech1-Mech4(4个机械层)。
四、Drkll Layers(钻孔位置层)
共有2层：“Drill Drawing”和“Drill Guide”。用于绘制钻孔孔径和孔的定位。
五、Solder Mask(阻焊层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。阻焊层上绘制的时印制电路板上的焊盘和过孔周围的保护区域。
六、Paste Mask(锡膏防护层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。锡膏防护层主要用于有表面贴元器件的印制电路板，这时表帖元器件的安装工艺所需要的，无表帖元器件时不需要使用该层。
七、Silkscreen(丝印层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。丝印层主要用于绘制文字说明和图形说明，如元器件的外形轮廓、标号和参数等。
八、Other(其它层)
共有8层：“Keep Out(禁止布线层)”、“Multi Layer(多层面，PCB板的所有层)”、“Connect(连接层)”“DRC Error(错误层)”、2个“Visible Grid(可视网格层)”、“Pad Holes(焊盘孔层)”和“Via Holes(过孔孔层)”。其中有些层是系统自己使用的，如Visible Grid(可视网格层)就是为了设计者在绘图时便于定位。而Keep Put(禁止布线层)是在自动布线时使用，手工布线不需要使用。
对于手工绘制双面印制电路板来说，使用最多的是Top Layers(顶层铜箔布线)、Bottom Layers（底层铜箔布线）和Top Silkscreen(顶层丝引层)。每一个图层都可以选择一个自己习惯的颜色，一般顶层用红色、底层用蓝色、文字及符号用绿色或白色、焊盘和过孔用黄色。
toplayer和bottomlayer：分别为顶层和底层，即电路板的外表上层和下层，通常的信号线都是在上面布置的，如双层板。对于多层板，也可在中间添加信号层布线。
Mechanical 机械层：定义整个PCB板的外观，即整个PCB板的外形结构。
Keepoutlayer 禁止布线层：定义在布电气特性的铜一侧的边界。也就是说先定义了禁止布线层后，在以后的布过程中，所布的具有电气特性的线不可以超出禁止布线层的边界。
Topoverlay 顶层丝印层
Bottomoverlay 底层丝印层：定义顶层和底的丝印字符，就是一般在PCB板上看到的元件编号和一些字符。
Toppaste 顶层焊盘层
Bottompaste 底层焊盘层：指我们可以看到的露在外面的铜铂。
Topsolder 顶层阻焊层
Bottomsolder 底层阻焊层：与toppaste和bottompaste两层相反，是要盖绿油的层。
Drillguide 过孔引导层
Drilldrawing 过孔钻孔层
Multiplayer 多层：指PCB板的所有层。
1.TopLayer元件层、BottomLayer布线与插件式元件的焊接层、MidLayerx中间层，这几层是用来画导线或覆铜的（当然还有TopLayer、BottomLayer的SMT贴片器件的焊盘PAD）；
2.Top Solder、Bottom Solder、Top Paste、Bottom Paste，这四层是与穿越两层以上器件PAD相关的；一般Paste层留的孔会比焊盘小（Paste表面意思是指焊膏层，就是说可以用它来制作印刷锡膏的钢网，这层只需要露出所有需要贴片焊接的焊盘，并且开孔可能会比实际焊盘小）；然后，要往PCB版上刷绿油（阻焊）吧，这就是Solder层，Solder层要把PAD露出来吧，这就是我们在只显示Solder层时看到的小圆圈或小方圈，一般比焊盘大（Solder表面意思是指阻焊层，就是用它来涂敷绿油等阻焊材料，从而防止不需要焊接的地方沾染焊锡的，这层会露出所有需要焊接的焊盘，并且开孔会比实际焊盘要大）；这几层一般为黄色（铜）或白色（锡）；
3.Top Overlay、Bottom Overlay，丝印层，PCB表面的文字或电阻电容符号或器件边框等，一般为白色；
4.Keepout，画边框，确定电气边界；
5.Mechanical layer，真正的物理边界，定位孔的就按照Mechanical layer的尺寸来做的，但PCB厂的工程师一般不懂这个。所以最好是发给PCB厂之前将keepout layer层删除；
6.Multi Layer，贯穿各层的，像过孔（到底层或顶层的过孔VIA也有Solder和Paste）；
7.Drill guide、Drill drawing，钻孔层；
TopLayer(顶层)画出来的线条是红色，就是一般双面板的上面一层，单面板就用不到这层。
BottomLayer(底层)画出来的线条是蓝色，就是单面板上面的线路这层。
MidLayer1(中间层1)这个是第一层中间层，好像有30层，一般设计人员用不到，你先不用管他，多面板时候用的。默认在99SE中不显示，也用不到。
Mechanical Layers(机械层)（紫红色）用于标记尺寸，板子说明，在PCB抄板加工的时候是忽略的，也就是板子做出来是看不出来的，简单点式注释的意思。
Top Overlay(顶层丝印层)（黄色）就是板子正面的字符，对应TopLayer(顶层)单面板就用到这层字符就可以了， Bottom Overlay(底层丝印层）（褐色）对应BottomLayer(底层)就是板子背面的字符，双面板时候用到以上两层字符。
KeepOutLayer(禁止布线层)（紫红色同机械层）简单说就是板子的边框，外型。
Multi layer(多层)（银色）所有布线层都包括，一般单双面的插件焊盘就在这层，花条线条就是所有层都画上了。
1.TopLayer(顶层)顶层布线层，用来画元件之间的电气连接线。
2.BottomLayer(底层)底层布线层，作用与顶层布线层。
3.MidLayer1(中间层1)作用是在制多层板时在此层也会绘制电气连接线，不过多层板成本比较高。
4.Mechanical Layers(机械层）可用来绘制PCB印制板的外形，及需挖孔部位，也可用来做注释PCB尺寸等，可用来绘制PCB印制板的外形，及需挖孔部位，注意PCB外形，挖空部位和PCB的注释尺寸不要用同一机械层，比如机械层1用来绘制PCB外形及挖空，机械层13用来注释尺寸等，分开后印制板厂家的技术人员会根据此层的东西自己分析是否需要将此层制作出来。
5.Top Overlay(顶层丝印层)（黄色）就是板子正面的字符，对应TopLayer(顶层)单面板就用到这层字符就可以了，Bottom Overlay(底层丝印层）（褐色）对应BottomLayer(底层)就是板子背面的字符，双面板时候用到以上两层字符。
6.KeepOutLayer(禁止布线层）作用是绘制禁止布线区域，如果印制板中没有绘制机械层的情况下，印制板厂家的人会以此层来做为PCB外形来处理。如过KEEPOUT LAYER层和机械层都有的情况下，默认是以机械层为PCB外形，但印制板厂家的技术人员会自己去区分，但是区分不出来的情况下他们会默认以机械层当外形层。
7.Multi layer(多层)（银色）所有布线层都包括，一般单双面的插件焊盘就在这层，花条线条就是所有层都画上了。
一、Signal Layers(信号层)
Protel98、Protel99提供了16个信号层：Top(顶层)、Bottom(底层)和Mid1-Mid14(14个中间层）。
信号层就是用来完成印制电路板铜箔走线的布线层。在设计双面板时，一般只使用Top(顶层)和Bottom(底层)两层，当印制电路板层数超过4层时，就需要使用Mid(中间布线层)。
二、Internal Planes(内部电源/接地层)
Protel98、Protel99提供了Plane1-Plane4(4个内部电源/接地层)。内部电源/接地层主要用于4层以上印制电路板作为电源和接地专用布线层，双面板不需要使用。
三、Mechanical Layers(机械层)
机械层一般用来绘制印制电路板的边框(边界)，通常只需使用一个机械层。有Mech1-Mech4(4个机械层)。
四、Drkll Layers(钻孔位置层)
共有2层：“Drill Drawing”和“Drill Guide”。用于绘制钻孔孔径和孔的定位。
五、Solder Mask(阻焊层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。阻焊层上绘制的时印制电路板上的焊盘和过孔周围的保护区域。
六、Paste Mask(锡膏防护层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。锡膏防护层主要用于有表面贴元器件的印制电路板，这时表帖元器件的安装工艺所需要的，无表帖元器件时不需要使用该层。
七、Silkscreen(丝印层)
共有2层：Top(顶层)和Bottom(底层)。丝印层主要用于绘制文字说明和图形说明，如元器件的外形轮廓、标号和参数等。
八、Other(其它层)
共有8层：“Keep Out(禁止布线层)”、“Multi Layer(多层面，PCB板的所有层)”、“Connect(连接层)”“DRC Error(错误层)”、2个“Visible Grid(可视网格层)”、“Pad Holes(焊盘孔层)”和“Via Holes(过孔孔层)”。其中有些层是系统自己使用的，如Visible Grid(可视网格层)就是为了设计者在绘图时便于定位。而Keep Put(禁止布线层)是在自动布线时使用，手工布线不需要使用。
对于手工绘制双面印制电路板来说，使用最多的是Top Layers(顶层铜箔布线)、Bottom Layers（底层铜箔布线）和Top Silkscreen(顶层丝引层)。每一个图层都可以选择一个自己习惯的颜色，一般顶层用红色、底层用蓝色、文字及符号用绿色或白色、焊盘和过孔用黄色。
toplayer和bottomlayer：分别为顶层和底层，即电路板的外表上层和下层，通常的信号线都是在上面布置的，如双层板。对于多层板，也可在中间添加信号层布线。
Mechanical 机械层：定义整个PCB板的外观，即整个PCB板的外形结构。
Keepoutlayer 禁止布线层：定义在布电气特性的铜一侧的边界。也就是说先定义了禁止布线层后，在以后的布过程中，所布的具有电气特性的线不可以超出禁止布线层的边界。
Topoverlay 顶层丝印层
Bottomoverlay 底层丝印层：定义顶层和底的丝印字符，就是一般在PCB板上看到的元件编号和一些字符。
Toppaste 顶层焊盘层
Bottompaste 底层焊盘层：指我们可以看到的露在外面的铜铂。
Topsolder 顶层阻焊层
Bottomsolder 底层阻焊层：与toppaste和bottompaste两层相反，是要盖绿油的层。
Drillguide 过孔引导层
Drilldrawing 过孔钻孔层
Multiplayer 多层：指PCB板的所有层。
1.TopLayer元件层、BottomLayer布线与插件式元件的焊接层、MidLayerx中间层，这几层是用来画导线或覆铜的（当然还有TopLayer、BottomLayer的SMT贴片器件的焊盘PAD）；
2.Top Solder、Bottom Solder、Top Paste、Bottom Paste，这四层是与穿越两层以上器件PAD相关的；一般Paste层留的孔会比焊盘小（Paste表面意思是指焊膏层，就是说可以用它来制作印刷锡膏的钢网，这层只需要露出所有需要贴片焊接的焊盘，并且开孔可能会比实际焊盘小）；然后，要往PCB版上刷绿油（阻焊）吧，这就是Solder层，Solder层要把PAD露出来吧，这就是我们在只显示Solder层时看到的小圆圈或小方圈，一般比焊盘大（Solder表面意思是指阻焊层，就是用它来涂敷绿油等阻焊材料，从而防止不需要焊接的地方沾染焊锡的，这层会露出所有需要焊接的焊盘，并且开孔会比实际焊盘要大）；这几层一般为黄色（铜）或白色（锡）；
3.Top Overlay、Bottom Overlay，丝印层，PCB表面的文字或电阻电容符号或器件边框等，一般为白色；
4.Keepout，画边框，确定电气边界；
5.Mechanical layer，真正的物理边界，定位孔的就按照Mechanical layer的尺寸来做的，但PCB厂的工程师一般不懂这个。所以最好是发给PCB厂之前将keepout layer层删除；
6.Multi Layer，贯穿各层的，像过孔（到底层或顶层的过孔VIA也有Solder和Paste）；
7.Drill guide、Drill drawing，钻孔层；
Graphic
图层
Top
顶层，顶层的铜皮走线（重要）
Internal
内层的意思，PCB内部的铜皮走线。内层都不能放元件的，所以没有焊盘，区别于顶层和低层（重要）
Neg Plane
负平面（实际工程中没用过）
Pos Plane
正平面（实际工程中没用过）
Bottom
低层，顶层的铜皮走线（重要）
Border
边框层，PCB的外框
Silk top
顶层丝印，通常看到的白油由此层生成（重要）
Silk bot
底层丝印，通常看到的白油由此层生成（重要）
Mask top
顶层钢网， 这是用于出SMT钢网文件的，所以SMT元件才在这层开孔，插件不会开孔（重要）
Mask bot
底层钢网， 这是用于出SMT钢网文件的，所以SMT元件才在这层开孔，插件不会开孔（重要）
Refdes top
重定义顶层 这个在实际工程中从来没人用过
Refdes bot
重定义低层 这个在实际工程中从来没人用过
Temporary
临时层 这个在实际工程中从来没人用过
Insulator
绝缘层 这个在实际工程中从来没人用过
Paste top
顶层焊盘,就是要露出铜,不加绿油的部分,SMT和插件元件都需要开焊盘(重要)
Paste bot
底层焊盘,就是要露出铜,不加绿油的部分,SMT和插件元件都需要开焊盘(重要)
Nc Primary
主要不安装元件 这个在实际工程中从来没人用过
Nc Secondary
次要不安装元件 这个在实际工程中从来没人用过
以上依我多年PCB经验回答,应该很容易理解的
PCB设计中, 关注掌握我标注(重要)的就行了, 其他的除了书本, 实际是涉及不到
关于补充:
不知道为什么, 你没有例出来钻孔层(drill drawing),这层也是非常重要的
主要有体现两点:一是钻孔位置,二是钻孔大小
PCB一般有两个焊盘层(顶层底层,内层是没有焊盘的,因为没办法安装元件),一个钻孔层.焊盘层和钻孔层是完全不同的概念,焊盘层指出需要安装元件的焊盘形状位置,钻孔层是对孔的位置进行定位和定义.
PCB软件,你可以用powerPCB2005,比Protel99要灵活,可以满足你说的要求
解释一下,像钻孔层,丝印层之类,在画PCB的时候,你不需要特别去关注它们,它们会自己生成pcb gerber文件.
比如,走线需要从顶层转到顶层,只需要打一个过孔就行了,并不需要特意去关注这个过孔是不是放在钻孔层了, 它自己就在那里
Graphic 图层
Top 顶层
Internal 内层
Neg Plane 负片
Pos Plane 正面
Bottom 低层
Border 边框层
Silk top 顶层丝印
Silk bot 底层丝印
Mask top 顶层钢网
Mask bot 底层钢网
Refdes top 重定义顶层
Refdes bot 重定义低层
Temporary 临时层
Insulator 绝缘层
Paste top 顶层焊盘
Paste bot 底层焊盘
Nc Primary 主要跳空元件
Nc Secondary 次要跳空元件