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Lift genome positions

Genome positions are best represented in BED format. UCSC provides tools to convert BED file from one genome assembly to another.

Binary liftOver tool

We need liftOver binary from UCSC and hg18 to hg 19 chain file.

Provide BED format file (e.g. input.bed)

NOTE: Use the ‘chr‘ before each chromosome name

chr1    743267  743268  rs3115860
chr1    766408  766409  rs12124819
chr1    773885  773886  rs17160939

Run liftOver:

(1) download liftOver http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ (2) chmod +x liftOver(3) download chain file http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/liftOver/ (4) prepare input bed file (chr start end others ...)(5) run liftOver./liftOver input.bed hg18ToHg19.over.chain.gz output.bed unlifted.bed

unlifted.bed file will contain all genome positions that cannot be lifted. The reason for that varies. See Various reasons that lift over could fail

REF:

http://www.zilhua.com/906.html （使用方法）

http://genome.sph.umich.edu/wiki/LiftOver （wiki）

http://www.cnblogs.com/foreverycc/p/3170807.html （使用方法）

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/liftOver/ （liftOver的chain文件）

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ （下载 liftover； http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver ）

http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 (bed文件格式)

时间： 2024-10-11 17:36:25

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装载于"http://www.cnblogs.com/KissKnife/ 理论性的东西,往往容易把人人都看得懂的东西写成连鬼都看不懂,近似于主任医生开的药方.从前学范式的时候,把书中得概念翻来覆去看,看得痛心疾首深恶痛绝,再加上老师深切误导,最后一塌糊涂.借助网络资源,自己写了一篇,自己是看懂了,希望对大家也有所帮助,有错误帮忙指正. 数据库范式(Normal forms):是用于规范关系型数据库设计,以减少谬误发生的一种准则. 1NF(first normal form): Table f