脚本命令适用的环境比较多。脚本文件中的注释以为双斜杠开头。脚本支持的最长 255 字符的参数。有疑点的地方是十六进制，文本字符串（甚至 10 进制数值）都可以作为参数，你可以使用引号强制转换数字参数为文本参数。如果文本或者变量名中存在空格，则引号是必须的，在引号中的所有字符都被被识别成一个参数而存在。
当在 winhex 中使用数学表达式的时候，可以引用数学表达式，但是必须用括号括起来。在数学表达式中不能有空格。同样可以在数学表达式中应用数字变量。支持的操作有，加法（+），减法（-），乘法（*），整除（/），模除（%），逻辑运算符 AND（&），OR（|），以及 XOR（^）。以下是有效的数学表达式：(5*2+1), (MyVar1/(MyVar2+4)), or (-MyVar)。
以下是目前支持的脚本命令的详细描述以及使用实例。
Create "D:\My File.txt" 1000
创建一个 1000 字节的新文件，如果已经存在同名文件，则将其覆盖。
Open "D:\My File.txt"
Open "D:\*.txt"
打开指定格式的文件，如果通配符为“?”则 winhex 会让用户选择要打开的文件。
Open C:
Open D:
打开指定的逻辑驱动器。如果通配符为“:?”则 winhex 会让用户选择要打开的逻辑驱动器或者磁盘。
Open 80h
Open 81h
Open 9Eh
打开指定的物理介质。软盘的为 00h，硬盘与 u 盘为 80h，光盘为 9Eh。可以增加第二个参数来设定文件或者介质的编辑模式（“in-place”或者“read-only”）
CreateBackup
为活动文件的当前状态创建 WHX 备份。
CreateBackupEx 0 100000 650 true "F:\My backup.whx"
备份当前活动磁盘中从 0 扇区到 100000 扇区的数据。备份文件将自动分割成 650M 大小。并且选择了压缩选项。输出文件的路径以及名称作为最后的参数写入。
如果备份文件不需要分割，则第三个参数的数值该为 0 即可。如果不启动压缩功能则将“true”改为“false”。
如果需要自动分配文件名以及文件路径则最后的参数表示为“""”即可。
Goto 0x128
Goto MyVariable
将光标的位置移动到偏移量 0x128 位置（16 进制表示）。同样也可以用数字变量（最长 8 字节）来定义光标移动的位置。
Move -100
将当前光标的位置向后移动 100 字节（16 进制）。
Write "Test"
Write 0x0D0A
Write MyVariable
在光标当前位置（以覆盖模式）写入 ASCII 字符“Test”或者两个字节的 16 进制数“0D0A”。这里同样可以写入数字变量中的值。
同时将光标移动到被覆盖部分的后面。当到达文件的结尾时，将在文件尾部添加空字节以完成操作。下一个写命令将不会在文件尾巴添加空字节。
Write2
和“Write”的功能类似，但是当到达文件结尾的时候，不会在文件添加空字节。
So it is not safe to assume that Write2 always moves the current position forward by the number of bytes written. Insert "Test"
功能与“Write”类似，但是在“insert”模式只能应用于文件。
Read MyVariable 10
从当前位置读入 10 个字节的数据到“MyVariable”变量中。如果变量不存在，它将会创建一个。winhex 同时可以支持 48 个不同的变量。另一个创建变量的命令是“Assign”。
ReadLn MyVariable
从当前位置读入一整行的数据到“MyVariable”变量中直到遇到换行符。如果变量已经存在了，则变量的大小将会被从新调整。
Close
不保存的关闭当前活动窗口。
CloseAll
不保存的关闭所有窗口。
Save
保存当前活动窗口中打开的文件或磁盘的修改。
SaveAs "C:\New Name.txt"
将当前活动窗口打开的文件另存为指定目录下的文件。如果通配符为“?”，则 winhex 会让用户自己选择保存的路径以及文件名。
SaveAll
保存所有窗口中修改。
Terminate
中断脚本的执行。
Exit
中断脚本的执行并且关闭 winhex。
ExitIfNoFilesOpen
如果在 winhex 中没有打开的文件将终止脚本文件的执行。
Block 100 200
Block "My Variable 1" "My Variable 2"
在当前活动窗口中定义一个偏移量从 100 到 200 的选块（10 进制）。下一行命令表示定义从变量"My Variable 1"到"My Variable 2"的选块（最长 8 字节）
Block1 0x100
在偏移量 0x100 处定义一个字节的选块。同样可以使用变量。
Block2 0x200
定义一个从开头到偏移量 0x200 部分的选块。同样可以使用变量。
Copy
将当前选块复制进剪切板中。如果没有定义选块，其功能和编辑菜单中的复制命令相同。
Cut
将当前选块中的文件剪切到剪切板中。
Remove
将当前选块中的数据从文件中移除。
CopyIntoNewFile "D:\New File.dat"
CopyIntoNewFile "D:\File +MyVariable+.dat"
将当前选块中的数据复制进指定的新文件，而不复制进剪切板。如果没有定义选块，其功能和编辑菜单中的复制命令相同。同样可以复制磁盘扇区中的数据作为一个新文件。新建的文件不会自动在 winhex 的编辑窗口中打开。可以在“+”之间加入变量，变量名将被解释为不大于 2^24（16M）的整数。通常在循环应用以及文件恢复中比较有用。
Paste
将剪切板中的数据粘贴入文件中，并且不改变光标当前位置。
WriteClipboard
将剪切板中的数据写入文件或磁盘扇的当前位置中，不改变光标当前位置，并且覆盖从当前光标所在位置以后的数据。
Convert Param1 Param2
将当前活动文件中的数据从一种格式转换成另一种格式。有效的参数是 ANSI，IBM，EBCDIC，Binary，HexASCII，IntelHex，MotorolaS, Base64, UUCode, LowerCase, 以及 UpperCase，与转换菜单中的转换菜单命令功能相同。
AESEncrypt "My Password"
使用 AES 加密当前活动文件或者磁盘，或其选块，使用指定的密钥（最高 32 位）。
AESDecrypt "My Password"
解密当前活动文件或磁盘。
Find "John" [MatchCase MatchWord Down Up BlockOnly SaveAllPos Unicode Wildcards]
Find 0x1234 [Down Up BlockOnly SaveAllPos Wildcards]
分别搜索当前活动窗口中名为“john”的字符串或 16 进制值数 0x1234，并且在第一个搜索到的地方停下来。其他的参数是可选的。默认的 winhex 搜索整个文件或磁盘。其他的可选参数功能和通常的 winhex 搜索选项相同。
ReplaceAll "Jon" "Don" [MatchCase MatchWord Down Up BlockOnly Unicode Wildcards]
ReplaceAll 0x0A 0x0D0A [Down Up BlockOnly Wildcards]
在当前活动窗口中使用其他的值替换所有存在上述字符串或 16 进制数值的地方。在“in-place”模式下只能应用与磁盘。