前言
这篇文章依旧是基于上一篇文章（使用Python实现子区域数据分类统计）而写，此文章中介绍了使用 geopandas 的 overlay 函数对两个 GeoDataFrame 对象取相交或相异的部分，即进行空间压盖分析。
此函数封装的非常好，解决了我们的主要问题，在我自己的 Windows 系统上运行也正常，但是部署到 Ubuntu 16.04 后就出了问题，经过层层分析，最终发现是 Rtree 的问题。
本文介绍问题的来龙去脉和解决方案。
问题重现
创建两个 GeoDataframe 对象，假定为 data1 和 data2，两个对象均包含一个 Polygon 的 GeoSeries 列，对这两个对象执行 overlay 函数，如下：
intersection_data = geopandas.overlay(data1, data2, how='intersection')首先需要在 Ubuntu 系统上安装 geopandas 类库，可以使用 pip 直接安装，不明所以的请自行搜索。装完 geopandas 后需要安装 Rtree 类库，执行如下命令：
pip install Rtree安装完毕后执行上面的 overlay 语句，Windows 下能够正常运行，在 Ubuntu 上却得不到结果，一直以为是我写的有问题，但多次切换系统和测试之后依然如故，最终检查系统日志，发现报错如下：
'NoneType' object has no attribute 'intersection'难道 data1 或者 data2 为空了，反复检查不存在这个问题，那应该是 overlay 函数里面出问题了吧，再详细的跟踪、查看日志发现另一个错误：
TypeError: incompatible types, LP_c_double instance instead of LP_c_double instance在 Google 中反复搜索此问题，倒是 Rtree 的 github 中就有此问题的记录，但已经是 2016 年的问题了，难道依然没有解决，实在令人难以相信。
解决方案
发现了问题之后，就反复的使用 pip 卸载、安装 Rtree，但问题依旧存在，朋友提示我可以对比一下 Rtree 对此问题修复的代码和系统中安装的代码，看一下代码中是否包含解决问题的更新。检查之后，果然是问题解决之前的代码，看样子 Rtree 已经有两年没有人维护了，那么问题的解决方案就变成了如何安装最新的 Rtree。
使用 pip install Rtree 安装无法得到最新版本，只能通过源码安装了，于是首先将 Rtree 代码 clone 到本地，接着使用 pip 安装，成功解决了此问题，如下：
git clone https://github.com/Toblerity/rtree.git
cd rtree
pip install .结尾
本文针对 overlay 函数实际使用中发现的问题，简单介绍了问题的分析和查找过程，并给出了解决方案。其实所有问题都是这样，只要发现了问题，一步步耐心去探寻，总会找到解决方案，就怕连问题都发现不了。
原文地址：https://www.cnblogs.com/shoufengwei/p/10162334.html