从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑：
1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径；
2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载
所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里：
输入paper的title关键词NIFTY BGI
搜索结果：
选一个文件点击进去
进去之后，再点击SRP
然后：
出现如下内容：
然后选择所有SRR文件：
下载Accession list之后得到文件列表：
SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR357398 SRR357666 SRR357667 SRR357668 SRR357669 SRR357670 SRR357671 SRR357672 SRR357673 SRR357674 SRR357675 SRR357676
然后根据这个列表在linux下载：
[[email protected] NIFTY_BGI_samp]$ cat /data1/Medicine/WZD/SRR_Acc_List.txt | while read line
> do
> echo $line
> /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}
> done
下载成功！！
注：另外一种更简单方法
在找到这个界面时
点击send to
最后得到SraRunInfo.csv文件，文件内容是各个samp sequence的列表信息，包括FTP上的下载地址：
然后在linux中下载，
完毕！
原文地址：https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8473986.html
时间： 2024-10-11 16:20:37