错误如下。。。但是使用eclipse生成apk包时不收影响。。
-dex:
[dex] input: E:\cocos\Mine\frameworks\runtime-src\proj.android\bin\classes
[dex] input: E:\cocos\Mine\frameworks\js-bindings\cocos2d-x\cocos\platform\android\java\bin\classes.jar
[dex] Pre-Dexing E:\cocos\Mine\frameworks\js-bindings\cocos2d-x\cocos\platform\android\java\bin\classes.jar -> classes-022efb48739f8be18b60e7464733537d.jar
[dex] Converting compiled files and external libraries into E:\cocos\Mine\frameworks\runtime-src\proj.android\bin\classes.dex...
[dx]
[dx] UNEXPECTED TOP-LEVEL EXCEPTION:
[dx]com.android.dx.util.DexException: Multiple dex files define Lorg/cocos2dx/lib/Cocos2dxAccelerometer;
[dx] at com.android.dx.merge.DexMerger.readSortableTypes(DexMerger.java:592)
[dx] at com.android.dx.merge.DexMerger.getSortedTypes(DexMerger.java:550)
[dx] at com.android.dx.merge.DexMerger.mergeClassDefs(DexMerger.java:531)
[dx] at com.android.dx.merge.DexMerger.mergeDexBuffers(DexMerger.java:168)
[dx] at com.android.dx.merge.DexMerger.merge(DexMerger.java:186)
[dx] at com.android.dx.command.dexer.Main.mergeLibraryDexBuffers(Main.java:300)
[dx] at com.android.dx.command.dexer.Main.run(Main.java:232)
[dx] at com.android.dx.command.dexer.Main.main(Main.java:174)
[dx] at com.android.dx.command.Main.main(Main.java:91)
[dx]
BUILD FAILED
E:\BST\adt-bundle-windows-x86-20130917\sdk\tools\ant\build.xml:892: The following error occurred while executing this line:
E:\BST\adt-bundle-windows-x86-20130917\sdk\tools\ant\build.xml:894: The following error occurred while executing this line:
E:\BST\adt-bundle-windows-x86-20130917\sdk\tools\ant\build.xml:906: The following error occurred while executing this line:
E:\BST\adt-bundle-windows-x86-20130917\sdk\tools\ant\build.xml:284: null returned: 2
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查资料发现，发现：
cocos compile 的脚本里会自动把“frameworks\js-bindings\cocos2d-x\cocos\platform\android\java\bin\classes.jar”（2dx的java代码）添加到classes.dex中。
而当用eclipse打开android项目时，默认是没有引入2dx的java类的，此时如果想正常运行android项目，需要引入2dx的jar包，或者引入2dx的java源码。
如 果引入java的源码，当再次执行“cocos compile”时，2dx的java源码生成的class文件，会跟默认引入的“frameworks\js-bindings\cocos2d-x \cocos\platform\android\java\bin\classes.jar”发生冲突，会报 “com.android.dx.util.DexException: Multiple dex files define ……”的错误；
如 果不引入java源码，而是直接在“Build path”中引入了jar包（位于引擎的：frameworks\js-bindings\cocos2d-x\cocos\platform \android\java\bin\下的classes.jar），此时android的项目不报错了，但是直接使用eclipse生成apk包时会发 现安装到手机上无法运行，这是因为项目需要的2dx文件没有被打入到apk中。此时，可以将对应的jar包放到android项目的libs目录里 （frameworks\runtime-src\proj.android\libs\），这样生成的apk包就可以正常运行了。
但是，如果这样做了，再次执行“cocos compile”时，发现还会报如上的错误，这是因为脚本里会默认将libs目录里的文件添加到classes.dex中。
综上所述：
出现如上错误的原因是在使用“cocos compile”脚本时，2dx文件被重复添加了。
不过，如果像我这样操作，使用“cocos compile”编译脚本（主要是因为该脚本会将js文件和资源拷贝的android项目里），使用eclipse将android项目打包成apk，可以忽略如上问题的；感觉很不爽。。。。
-------------解决方法
注释掉project.properties文件中的#android.library.reference.1=../cocos2d/cocos/platform/android/java就可以啦！！！