pacbio bax.h5文件处理及ccs计算

1.NCBI文件格式如下：

2.格式转换

(1) bas.h5 -> ccs

source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh

bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5

(2) bax.h5 -> ccs

需要各个文件进行转换并进行合并

ConsensusTools.sh CircularConsensus m161112_054131_42199_c101122602550000001823257305221784_s1_p0.3.bax.h5

3.文件格式

PacBio CCS (Circular Consensus Sequence) or RoI (Read of Insert) read

@<MovieName>/<ZMW_number>

（sequence）

PacBio CCS subread

@<MovieName> /<ZMW_number>/<subread-start>_<subread-end>

原文地址：https://www.cnblogs.com/zwj-pot/p/8861712.html

时间： 2024-08-17 00:44:59

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