二代测序技术总结

http://www.cogonline.com/Article/zyyd/yjsj/144070515.html Desheng Liang,* Ying Peng,* Weigang Lv,* Linbei Deng,* Yanghui Zhang,* Haoxian Li,* Pu Yang,* Jianguang Zhang,? Zhuo Song,? Genming Xu,? David S. Cram,? and Lingqian Wu* 医学遗传学国家重点实验室,*中南大学,湖南长

一.甲基化测序技术 1.12中DNA甲基化测序技术 1)什么是DNA的甲基化呢? DNA甲基化是指针对DNA序列上的CpG岛,由甲基化转移酶将S腺苷甲硫氨酸的甲基转移给胞嘧啶.其中,5'甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一个非常重要的表观遗传学修饰事件,该事件能够调控基因活性,并影响着如细胞分化.转录调控和染色质重塑等生物学过程. 2)什么是DNA甲基化测序? 随着下一代测序技术(NGS)技术的发展,使我们能够从全基因组水平来分析5'甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件,由此能够发现很多传统的基因组学研究

为什么二代测序的原始数据中会出现Read重复现象? 要搞清楚这个read重复(duplicate)的问题,我想我们需要从NGS数据的产出过程说起,具体来说如下: 基因组DNA提取: DNA随机打断,最常用的是超声打断: 对被打断的DNA片段进行末端修复(通常是3'加A),然后在两端加接头,选择特定长度的片段文库进行PCR扩增(通过PCR的扩增会选!择!性!地提高加上了接头的文库分子数量): 文库上机与测序芯片(Flowcell)上的引物结合,经过桥式PCR扩增,在芯片上形成测序所需的cluste

  最近看了一篇关于NGS(下一代测序).ASAM的论文.名字为<AMAS: Optimizing the Partition and Filtration of Adaptive Seeds to Speed up Read Mapping>.这篇论文介绍了一种可以提高映射速度的测序技术--AMAS.总体上来说这个技术的映射速度.内存占用.稳定性都是最优的.ASAM测序方法使用的核心是与GEM(The Genome Multitool)相同的自适应种子.之后又介绍了与其他主流测序算法的对比.

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

转自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair 碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 只一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测

RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RNA,例如miRNA.tR

全基因组重测序基础及高级分析知识汇总 oddxix 已关注 2018.09.20 17:04 字数 11355 阅读 212评论 0喜欢 6 转自:http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列(Reference Sequence)的物种的不同个体进行基因组测序,并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异性分析.通过全基因组重测序,研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP

测序简史 一代 二代测序 三代测序 一文从一代到最新的测序技术,希望能够帮助你. 序 这几天天气很热,热的人心惶惶.因此一直提上日程的所谓的测序简史,也没有时间去好好的落实.中途找过一个行业内的颇有影响力的人,但是他由于种种原因,也没有能踏踏实实的去做这件事情.几经周折,这个任务还是落到了我自己的肩上. 于是乎,我鼓鼓勇气,尝试着去把这段从1977年到2017年的漫长而又渺小的四十年说的有趣些儿. 当我起笔去写这篇文章的时候,小伙伴们还在工作室因为某个服务器后台技术争论不了,这样看来生信人团队还