首先要明白，在MySQL数据库忠中的存储引擎是基于表的，而不是基于数据库的。
讲述两者区别：
InnoDB 存储引擎，主要面向 OLTP(Online Transaction Processing，在线事务处理)方面的应用，是第一个完整支持 ACID 事务的存储引擎(BDB 第一个支持事务的存储引擎，已经停止开发)。
特点：
行锁设计、支持外键；
支持类似于 Oracle 风格的一致性非锁定读(默认情况下读取操作不会产生锁)；
InnoDB 将数据放在一个逻辑的表空间中，由 InnoDB 自身进行管理。从MySQL4.1 版本开始，可以将每个 InnoDB 存储引擎的表单独存放到一个独立的ibd 文件中；
InnoDB 通过使用 MVCC(多版本并发控制：读不会阻塞写，写也不会阻塞读)来获得高并发性，并且实现了 SQL 标准的 4 种隔离级别(默认为 REPEATABLE 级别)；
InnoDB 还提供了插入缓冲(insert buffer)、二次写(double write)、自适应哈希索引(adaptive hash index)、预读(read ahead)等高性能和高可用的功能；
InnoDB 采用了聚集(clustered)的方式来存储表中的数据，每张标的存储都按主键的顺序存放(如果没有显式的在建表时指定主键，InnoDB 会为每一行生成一个 6 字节的 ROWID，并以此作为主键)；
InnoDB 表会有三个隐藏字段：除了上面提到了 6 字节的 DB_ROW_ID 外，还有6 字节的B_TX_ID(事务 ID)和 7 字节的 DB_ROLL_PTR(指向对应回滚段的地址)。这个可以通过 innodb monitor 看到；
MyISAM 存储引擎是 MySQL 官方提供的存储引擎，主要面向OLAP(Online Analytical Processing,在线分析处理)方面的应用。
特点：
不支持事务，支持表所和全文索引。操作速度快；
MyISAM 存储引擎表由 MYD 和 MYI 组成，MYD 用来存放数据文件，MYI 用来存放索引文件。
MySQL 数据库只缓存其索引文件，数据文件的缓存交给操作系统本身来完成；
MySQL5.0 版本开始，MyISAM 默认支持 256T 的单表数据；
最后总结一下：
1、InnoDB支持事物，而MyISAM不支持事物；
2、InnoDB支持行级锁，而MyISAM支持表级锁；
3、InnoDB支持MVCC, 而MyISAM不支持；
4、InnoDB支持外键，而MyISAM不支持；
5、InnoDB不支持全文索引，而MyISAM支持。