统计给定序列的AT-content ，并设置小数点位数

习题来源： Python for Biologists： A complete programming course for beginner

 1 #!/bin/python
 2 # calculate the AT content of a DNA seq
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 4 def get_at_content(dna, sig_figs = 2): # sig_figs=2 为默认参数 sig_figs
 5     length = len(dna)
 6     a_count = dna.upper().count(‘A‘)   # use str.upper() and str.count() method
 7     t_count = dna.upper().count(‘T‘)
 8     at_content = (a_count + t_count) / length
 9     return round(at_content, sig_figs)  # 使用return 在很多情况下比 print 好
10                                         # use round() function ，就是设置数值的小数点位数
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12 assert get_at_content("ATCG") == 0.5   # assert 语句用来测试。非常有用
13 test_dna = "ATGCATGCAACTGTAGC"
14 print(get_at_content(test_dna, 1))  # 此时，将sig_figs 赋值为 1
15 print(get_at_content(test_dna))     # 当没有明确的赋值时， 即调用默认参数值
16 print(get_at_content(test_dna, 3))
17 print(get_at_content(dna = "ATCGGTAGTCGTAGCGTAGCAGT", sig_figs = 2))  # 比较完整的函数调用

运行结果：

uubuntu$ python3 chapter5_1_py3.py
0.5
0.53
0.529
0.48