两种类型最主要的差别就是Innodb 支持事务处理与外键和行级锁.而MyISAM不支持.
我作为使用MySQL的用户角度出发，Innodb和MyISAM都是比较喜欢的，但是从我目前运维的数据库平台要达到需求：99.9%的稳定性，方便的扩展性和高可用性来说的话，MyISAM绝对是我的首选。
原因如下：
1、首先我目前平台上承载的大部分项目是读多写少的项目，而MyISAM的读性能是比Innodb强不少的。
2、MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小。
3、从平台角度来说，经常隔1，2个月就会发生应用开发人员不小心update一个表where写的范围不对，导致这个表没法正常用了，这个时候 MyISAM的优越性就体现出来了，随便从当天拷贝的压缩包取出对应表的文件，随便放到一个数据库目录下，然后dump成sql再导回到主库，并把对应的 binlog补上。如果是Innodb，恐怕不可能有这么快速度，别和我说让Innodb定期用导出xxx.sql机制备份，因为我平台上最小的一个数据 库实例的数据量基本都是几十G大小。
4、从我接触的应用逻辑来说，select count(*) 和order by 是最频繁的，大概能占了整个sql总语句的60%以上的操作，而这种操作Innodb其实也是会锁表的，很多人以为Innodb是行级锁，那个只是 where对它主键是有效，非主键的都会锁全表的。
5、还有就是经常有很多应用部门需要我给他们定期某些表的数据，MyISAM的话很方便，只要发给他们对应那表的frm.MYD,MYI的文件，让 他们自己在对应版本的数据库启动就行，而Innodb就需要导出xxx.sql了，因为光给别人文件，受字典数据文件的影响，对方是无法使用的。
6、如果和MyISAM比insert写操作的话，Innodb还达不到MyISAM的写性能，如果是针对基于索引的update操作，虽然MyISAM可能会逊色Innodb,但是那么高并发的写，从库能否追的上也是一个问题，还不如通过多实例分库分表架构来解决。
7、如果是用MyISAM的话，merge引擎可以大大加快应用部门的开发速度，他们只要对这个merge表做一些select count(*)操作，非常适合大项目总量约几亿的rows某一类型(如日志，调查统计)的业务表。
当然Innodb也不是绝对不用，用事务的项目如模拟炒股项目，我就是用Innodb的，活跃用户20多万时候，也是很轻松应付了，因此我个人也是很喜欢Innodb的，只是如果从数据库平台应用出发，我还是会首选MyISAM。
另外，可能有人会说你MyISAM无法抗太多写操作，但是我可以通过架构来弥补，说个我现有用的数据库平台容量：主从数据总量在几百T以上，每天十 多亿 pv的动态页面，还有几个大项目是通过数据接口方式调用未算进pv总数，(其中包括一个大项目因为初期memcached没部署,导致单台数据库每天处理 9千万的查询)。而我的整体数据库服务器平均负载都在0.5-1左右。
| MyISAM | InnoDB | |
| 构成上的区别： | 每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。
.frm文件存储表定义。 数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。 索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。 |
基于磁盘的资源是InnoDB表空间数据文件和它的日志文件，InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB |
| 事务处理上方面: | MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持 | InnoDB提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能 |
| SELECT UPDATE,INSERT，Delete操作 |
如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择 | 1.如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表
2.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。 3.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用 |
| 对AUTO_INCREMENT的操作 | 每表一个AUTO_INCREMEN列的内部处理。
MyISAM为INSERT和UPDATE操作自动更新这一列。这使得AUTO_INCREMENT列更快（至少10%）。在序列顶的值被删除之后就不能再利用。(当AUTO_INCREMENT列被定义为多列索引的最后一列，可以出现重使用从序列顶部删除的值的情况）。 AUTO_INCREMENT值可用ALTER TABLE或myisamch来重置 对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引 更好和更快的auto_increment处理 |
如果你为一个表指定AUTO_INCREMENT列，在数据词典里的InnoDB表句柄包含一个名为自动增长计数器的计数器，它被用在为该列赋新值。
自动增长计数器仅被存储在主内存中，而不是存在磁盘上 关于该计算器的算法实现，请参考 AUTO_INCREMENT列在InnoDB里如何工作 |
| 表的具体行数 |
select count(*) from table,MyISAM只要简单的读出保存好的行数，注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的 | InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行 |
| 锁 |
表锁 | 提供行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in SELECTs)，另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表， 例如update table set num=1 where name like “%aaa%” |