JNI是java语言提供的Java和C/C++相互沟通的机制，Java可以通过JNI调用本地的C/C++代码，本地的C/C++的代码也可以调用java代码。JNI 是本地编程接口，Java和C/C++互相通过的接口。Java通过C/C++使用本地的代码的一个关键性原因在于C/C++代码的高效性。
NDK是一系列工具的集合 。它提供了一些列的工具，帮助开发者快速开发C/C++的动态库，并能自动将so和java应用一起打包成apk。它集成了交叉编译器，并提供了相应的mk文件隔离CPU，平台，ABI等差异，开发人员只需要简单修改mk文件（指出“哪些文件需要编译”、“编译特性要求”等），就可以创建出so。
Java通过JNI机制和C/C++沟通的具体步骤
1、编写包含native本地方法的java类
2、通过javah工具生成C/C++语言的头文件
3、使用C/C++语言实现头文件
4、使用交叉编译工具对C/C++本地代码进行编译，最后通过链接生成*.so可执行的C/C++库
5、实际执行Java代码去和本地的C/C++代码互相沟通
NDK安装流程：
在电脑已经配置了安卓环境的前提下，只需要下载NDK（R7以上的版本），这是个压缩包，解压可用。注：在R7之前的版本，必须要安装Cygwin才可使用NDK。从R7开始，Windows版本的NDK提供了一个ndk-build.cmd脚本，可以直接利用这个脚本编译。然后只要为Eclipse Android工程添加一个Builder，就能实现Eclipse的自动编译NDK：
第一次生成so文件的时候，我们先使用NDK的sample下的hello-jni的例子。
1、启动eclipse，通过Create project from existing source，选择hello-jni的目录，按默认选项创建工程即可；
2、观察hello-jni的工程目录结构，发现根目录下多了一个名叫jni的文件夹，该文件夹下面有两个文件，Android.mk和hello-jni.c。
Android.mk是用来生成so文件的配置文件，我们来看看里面是什么：
LOCAL_PATH := $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := hello-jni
LOCAL_SRC_FILES := hello-jni.c
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)表示会生成一个动态链接库，即so文件，生成的库文件名称为lib*.so
LOCAL_MODULE := hello-jni表示将要生成一个名称为libhello-jni.so的库文件
LOCAL_SRC_FILES := hello-jni.c表示生成库文件的源文件是hello-jni.c
打开hello-jni.c文件，会看到里面有一个函数：
jstring Java_com_example_hellojni_HelloJni_stringFromJNI( JNIEnv* env, jobject thiz )
{
return (*env)->NewStringUTF(env, "Hello from JNI !");
}
这个函数从根据什么原则生成的呢？是根据src下的HelloJni.java文件中的函数 public native String stringFromJNI();生成的。命名规则为：
Java_(固定开头)com_example_hellojni(用"_"连接的包名)_HelloJni(类名)_stringFromJNI(函数名)
这个函数的生成可以使用javah的命令：用命令行方式进入工程目录的bin\classes目录下，运行javah com.example.hellojni.HelloJni，就会把所有native的函数都按规则生成在一个名为HelloJni.h的头文件里。
3、新建并配置一个新的Builder
1） 点击Project->Properties->Builders->New，新建立一个Builder。在弹出的对话框上面点击Program，点击OK；
2） 在弹出的对话框【Edit Configuration】中，配置选项卡【Main】：
Location中需要填入nkd-build.cmd的路径（NDK安装目录下）。
WorkingDiretcoty中需要填入HelloJni的工程根目录。
3） 在【EditConfiguration】中，配置选项卡【Refresh】：
勾选“Refresh resources upon completion”，
勾选“The entire workspace”，
勾选“Recuresively include sub-folders”。
4）在【EditConfiguration】中，配置选项卡【Build Options】：
勾选“After a “Clean””，
勾选“During manual builds”，
勾选“During auto builds”,
勾选“Specify working set of relevant resources”。
点击“Specify Resources…”勾选TestNDK工程的“jni“目录，Finish！
保存设置，点击OK。
4、生成so文件
由于我们勾选了“During auto builds”，所以在工程有所改变的时候，so文件便会自动编译，正确生成以后就能在工程目录下发现多了两个文件夹，文件夹libs\armeabi目录下生成了一个叫libhello-jni.so的文件。至此，使用NDK生成so文件的工作就完成了。
5、so文件的调用
在HelloJni.java文件中有一段代码：
static {
System.loadLibrary("hello-jni");
}
使用loadLibrary就可以加载该so文件了，加载的时候不需要写libhello-jni.so，只要写hello-jni就可以了。以上是eclispe+ndk+android的基础开发
下面推荐这篇博客是eclispe +jdk 在简单的java工程中调用c程序：http://blog.csdn.net/zygang1988/article/details/7896071