一、可以定期在WSUS控制台中运行Server Cleanup Wizard，进行手动清理；
但是利用这种方法会有两个问题：
1、需要人工手动运行；
2、如果长期没有运行，由于数据量过大可能导致持续时间过长，或者一直无法成功清理的情况；
建议若使用以上这个方法，最少每月要进行一次。
二、利用PS进行计划自动清理；
该方法适用于WindowsServer2012之后的系统，通过PowerShell的Invoke-WsusServerCleanup命令进行清理。
Invoke-WsusServerCleanup [-UpdateServer<IUpdateServer>] [-CleanupObsoleteComputers] [-CleanupObsoleteUpdates][-CleanupUnneededContentFiles] [-CompressUpdates] [-DeclineExpiredUpdates][-DeclineSupersededUpdates] [-WhatIf] [-Confirm] [<CommonParameters>]
-CleanupObsoleteComputers：Computers not contactiong the server
（从数据库中删除超过30天未连接该指定服务器的计算机）
-CleanupObsoleteUpdates：Unused updates and update revisions
（从数据库中删除超过30天的过期的和未被批准的更新，并且删除超过30天的未被批准的旧版本补丁）
-CleanupUnneededContentFiles：Unneeded update files
（从磁盘中删除不被更新服务器或下游更新服务器需要的更新文件）
-DeclineExpiredUpdates：Expired updates
（拒绝不被批准和被微软标注未过期的更新）
-DeclineSupersededUpdates：Superseded updates
（拒绝超过30天的未被批准的，不是客户端当前需要的，且被已通过审批的更新替代掉的更新）
-CompressUpdates：压缩更新，从数据库中删除旧版的相同更新
-UpdateServer：指定需要进行清理操作的WSUS服务器，默认目标WSUS的服务器名，可以使用Get-WsusServer查看。
PS C:\Windows\system32> Get-WsusServer
Name : BJXXXWSUS01
以上PS，必须要使用管理员模式运行，如果不指定UpdateServer参数，则默认为当前运行Invoke-WsusServerCleanup的本地服务器。
创建wsusclean.ps1脚本如下：
Invoke-WsusServerCleanup-CleanupObsoleteComputers -CleanupObsoleteUpdates -CleanupUnneededContentFiles-CompressUpdates-DeclineExpiredUpdates -DeclineSupersededUpdates
将上述脚本放在WSUS服务器的C盘Scripts目录中（或其它路径，对应需要修改下面文件路径），创建计划任务，执行：
powershell-file "C:\Scripts\wsusclean.ps1"
需要注意：
1、WSUS服务器需要开启允许执行未签名脚本的策略。
Set-ExecutionPolicy Unrestricted
或者改为：
powershell -executionpolicy Unrestricted-file ":\Scripts\wsusclean.ps1"
2、计划任务的定义时间和WSUS的同步计划时间不要冲突和重合
三、彻底重建WSUS服务
如果真的出现了长期没有运行清理，由于数据量过大可能导致持续时间过长，或者一直无法成功清理的情况。
就需要彻底卸载WSUS服务，并重新安装WSUS服务，以WindowsServer2012系统后使用本地WID数据库的WSUS为例。
1、卸载WindowsServerUpdateServices服务
在服务器角色中把WIDDatabase和WSUSServices前的勾选全部去掉。
2、卸载Windows Internal Database（需要确认没有其它应用在使用该服务，否则需要通过SQL命令进行WSUS数据库删除）
在功能中把WindowsInternalDatabase前的勾选去掉。
3、删除WIDDatabase数据库库文件（若没有做步骤2，该步骤跳过）
删除%windir%\WID目录及其中所有内容。
4、重新安装WSUS服务，进行相关配置。