原文网址：
http://blog.biochen.com/archives/337
HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。
官网：
https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
HISAT2安装
下载HISAT2-2.0.1，并解压：
unzip hisat2-2.0.1-beta-Linux_x86_64.zip |
将HISAT2目录添加到环境变量：
vi ~/.bashrc |
在文件末位添加：
export PATH=/lustre/home/lcn/chenwen/bin/hisat2-2.0.1-beta:$PATH |
保存退出
source ~/.bashrc |
建立索引
建立基因组索引
hisat2-build –p 4 genome.fa genome |
建立基因组+转录组+SNP索引：
bowtie2的索引只有基因组序列信息，tophat2比对时，转录组信息通过-G参数指定。HISAT2建立索引时，就应该把转录组信息加进去。
HISAT2提供两个Python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件：
extract_exons.py Homo_sapiens.GRCh38.83.chr.gtf > genome.exon |
extract_splice_sites.py Homo_sapiens.GRCh38.83.chr.gtf > genome.ss |
此外，HISAT2还支持将SNP信息加入到索引中，这样比对的时候就可以考虑SNP的情况。这仍然需要将SNP文件转换成hisat2-build能使用的文件：
extract_snps.py snp142Common.txt > genome.snp |
最后，将基因组、转录组、SNP建立索引：
hisat2-build -p 4 genome.fa --snp genome.snp --ss genome.ss --exon genome.exon genome_snp_tran |
官网提供了人和小鼠的索引文件下载，压缩包有make_grch38_tran.sh文件，详细记录了创建索引的过程。
运行HISAT2
hisat2 -p 16 -x ./grch38_tran/genome_tran -1 SRR534293_1.fastq -2 SRR534293_2.fastq –S SRR534293.sam |
-x 指定基因组索引
-1 指定第一个fastq文件
-2 指定第二个fastq文件
-S 指定输出的SAM文件
更多参数请查看HISAT2的操作手册：
https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml
官方操作手册简要版
用法：
hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | –sra-acc <SRA accession number>} [-S <hit>]
主要参数：
-x <hisat2-idx>
参考基因组索引文件的前缀。
-1 <m1>
双端测序结果的第一个文件。若有多组数据，使用逗号将文件分隔。Reads的长度可以不一致。
-2 <m2>
双端测序结果的第二个文件。若有多组数据，使用逗号将文件分隔，并且文件顺序要和-1参数对应。Reads的长度可以不一致。
-U <r>
单端数据文件。若有多组数据，使用逗号将文件分隔。可以和-1、-2参数同时使用。Reads的长度可以不一致。
–sra-acc <SRA accession number>
输入SRA登录号，比如SRR353653，SRR353654。多组数据之间使用逗号分隔。HISAT将自动下载并识别数据类型，进行比对。
-S <hit>
指定输出的SAM文件。
输入选项：
-q
输入文件为FASTQ格式。FASTQ格式为默认参数。
-qseq
输入文件为QSEQ格式。
-f
输入文件为FASTA格式。
-r
输入文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，–ignore-quals参数也会被选择。
-c
此参数后是直接比对的序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，–ignore-quals参数也会被选择。
-s/–skip <int>
跳过输入文件中前条序列进行比对。
-u/–qupto <int>
只使用输入文件中前条序列进行比对，默认是没有限制。
-5/–trim5 <int>
比对前去除每条序列5’端个碱基
-3/–trim3 <int>
比对前去除每条序列3’端个碱基
–phred33
输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred33，phred33为默认参数。
–phred64
输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred64。
–solexa-quals
将Solexa的碱基质量值编码标准转换为phred。
–int-quals
输入文件中的碱基质量值为用空格分隔的数值，而不是ASCII码，例如40 30 30 40。
原文地址：https://www.cnblogs.com/y-echo/p/9335921.html