搭建高性能计算环境（十）、应用软件的安装之Wien2k

1，首先安装fftw

tar xvf fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-shared --enable-float --enable-mpi CC=icc  F77=ifort
make
make install

2，安装Wien2k

#创建目录并解压缩Wien2kmkdir Wien2kcd Wien2ktar xvf ~/WIEN2k_12.tar
gunzip *.gz
./expand_lapw
配置参数，按照提示操作./siteconfig_lapw

几个关键配置：

1）系统选择高版本的intel编译器和mkl

2）lapack、blas库的设置，此处默认即可

3）选择编译器，使用ifort和icc

4）并行设置

5）选择、设置mpif90

6）scalapack库的设置

7）选择A开始编译

时间： 2024-10-01 00:31:53

搭建高性能计算环境（十）、应用软件的安装之Wien2k的相关文章

搭建高性能计算环境（四）、应用软件的安装之Amber12

应用软件通常安装在/opt目录下,这样系统中的各个用户都能方便使用,下面的软件都将安装到/opt目录. 1,上传需要的软件包Amber12.tar.gz.AmberTools13.tar.bz2.Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz. 2,进入/opt目录,解压缩AmberTools.Amber到当前目录. tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2 tar xvf ~/Amber12.tar.gz 3,在线更新,打补丁(需要联网) cd /op

ubuntu通过apt-get方式搭建lnmp环境以及php扩展安装

一直是在用的lnmp的集成安装包搭建lnmp环境,因为工作需要需要安装ldap扩展,在网上怎么都找不到源码安装包,只能卸载掉原来的lnmp环境,用ubuntu的php5-ldap扩展, 在安装中遇到一些问题,网上的文章坑爹的比较多,写篇文章记录下来. 1.安装mysql sudo apt-get install mysql-server mysql-clien 安装过程中要输入root用户的密码. 我在安装中出错,是原来的mysql-cilent mysql-workbench 未完全卸载,将m

搭建高性能计算环境（五）、应用软件的安装之VASP

1,将需要的软件包上传vasp.5.2.12.tar.gz.vasp.5.lib.tar.gz.benchmark.Hg.tar.gz. 2,创建vasp目录并解压软件包. mkdir /opt/vasp cd /opt/vasp tar xvf ~/vasp.5.lib.tar.gz tar xvf ~/vasp.5.2.12.tar.gz 3,编译lib cd vasp.5.lib/ cp makefile.linux_ifc_P4 makefile修改makefile make 修改后的m

搭建高性能计算环境（九）、应用软件的安装之gaussian 09

高斯软件一般使用的都是编译好的二进制版,所以解压缩后设置一下环境变量就可以用了. cd /opt tar xvf  g09.tar.gz 设置环境变量,添加到/etc/profile文件中,重新登录后生效. export g09root=/optsource $g09root/g09/bsd/g09.profileexport GAUSS_SCRDIR=/tmp 有一点需要注意:g09程序对访问权限有要求,如果高斯程序的权限允许组外用户访问,则会提示如下错误: Files in the Gaus

搭建高性能计算环境（三）、安装intel编译器和mpi

很多计算软件都是要从源代码编译的,并且运行也需要mpi的支持,本节我们来安装intel编译器和openmpi. 1. Intel编译器的安装 需要的软件包:parallel_studio_xe_2013_update2_intel64.tgz.License文件 1)首先将软件包上传的Linux系统,可以使用上节介绍的ssh工具. 2)进入上传的目录,解压缩 tar xvf parallel_studio_xe_2013_update2_intel64.tgz 3)进去解压出来的目录 cd pa

搭建高性能计算环境（一）、Linux操作系统的安装和配置

一般课题组刚开始做计算,往往没有专门的集群,主要用自己的PC机.工作站或者买几台服务器来跑跑:小伙伴们摸索Linux的使用.编译一些开源软件.甚至写点Shell脚本需要耗费很多时间,耽搁了读文献.码论文的进展. 在此写几篇Blog,将Linux系统的安装.设置,常用软件的安装.编译整理出来,分享给大家(内容只包含单节点的情况,不涉及集群.作业调度系统及跨节点计算). 1, 安装CentOS6.2. 1)从光盘启动后的界面,开始安装系统. 2)提示检查光盘的完整性,可以跳过. 3)根据提示按下一步

搭建MHA环境【2】安装mysql-5.6 + mysql复制

本例中mysql的安装方式选用了二进制包安装方案.mysql复制用半同步复制方案 [1]安装mysql-5.6.31 要在所有的数据节点上都安装上mysql,安装方式大致相同,所以我这里就不重复写多次了,只以一台为例. 1.1 解压安装包到/usr/local/ tar -xzvf mysql-5.6.31-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz -C /usr/local 1.2 为了创建linux系统的mysql用户 useradd mysql 1.3 创建连接文件 cd

Linux搭建python环境中cx_Oracle模块安装遇到的问题与解决方法

安装或使用cx_Oracle时,需要用到Oracel的链接库,如libclntsh.so.11.1,否则会有各种各样的错误信息. 安装Oracle Instant Client就可得到这个链接库,避免安装几百兆之巨的Oracle Client. 软件下载地址: cx_Oracle的主页:http://cx-oracle.sourceforge.net/ 必需的Oracle链接库的下载地址: 常见的错误和解决方法: 一.win32二进制安装 在windows下安装cx_Oracle-5.0-11g

搭建高性能计算环境（二）、远程登录Linux服务器

一般操作Linux系统都是通过远程登录使用的,本节介绍几种远程登录Linux.上传下载文件的工具. 1. Secure Shell SSH 简单方便.既能使用命令行登陆也能传文件,免费. 打开SSH Secure Shell Client程序就能打开软件界面,点击Quick Connect输入远程Linux系统的ip地址.用户名 点Connect输入密码(第一次登陆会提示ssh的key认证,选择Yes) 登陆系统成功,可以在Add profile中将信息记住,去一个好记的名字,以后直接在Prof