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1. 相关软件
adt-bundle-windows-x86.zip --- Eclipse集成ADT插件，需要联网安装相应的Android SDK。
jdk-6u43-windows-i586.exe --- JDK6 Eclipse运行需要JAVA环境，编译ANDROID应用也需要JAVA编译器。
android-ndk-r8e-windows-x86.zip --- NDK r8e，支持在ANDROID应用中用C语言进行开发。说明：ndk-build可以不需要cygwin环境。
Cygwin --- 使用ndk-gdb调试C源码，需要Cygwin环境的支持。
2. WinXP系统环境变量配置
ADB_PATH=D:\GreenProgram\adt-bundle-windows-x86\sdk\platform-tools
classpath=.;%JAVA_HOME%\lib;%JAVA_HOME\lib\tools.jar
CYGWIN_BIN=C:\cygwin\bin
ECLIPSE_PATH=D:\GreenProgram\adt-bundle-windows-x86\eclipse
JAVA_HOME=C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_43
NDK_ROOT=D:\GreenProgram\adt-bundle-windows-x86\android-ndk-r8e
Path=%JAVA_HOME%\bin;%JAVA_HOME%\jre\bin;%NDK_ROOT%;%ADB_PATH%;%CYGWIN_BIN%;%ECLIPSE_PATH%
3. Cygwin配置
在当前用户的home目录下文件.bash_profile末尾添加以下2行
NDK_ROOT=/cygdrive/d/GreenProgram/adt-bundle-windows-x86/android-ndk-r8e
export NDK_ROOT
为方便调试程序，可添加以下一行。当启动cygwin时，直接进入项目目录。
cd /cygdrive/f/EclipseWorkspace/01_Capella/05_Test/01_L1Test/EMVTest
4. 应用工程配置
在“window –> preferences ->Android -> NDK”中添加NDK的路径。
AndroidManifest.xml文件中Debuggable设为true。
NDK编译设置：ndk-build NDK_DEBUG=1 V=1。
在android工程中的项目上点击右键，选择android tools中的add natie support，这样会增加c/c++等的编译链接选项。
5. Native方法中C源码级调试
5.1. 编译完应用，生成文件。
5.2. 右键点击工程 ->Run As->Android Application。
下载安装应用程序到开发板（或模拟器）中，并启动应用程序。
注意：这里只是要将生成的应用程序安装到开发板（或模拟器）
5.3. 启动Cygwin进入当前工程目录。
执行命令 ndk-gdb --force --verbose –start
在提示符<gdb>下输入quit退出。
在目录obj\local\ armeabi下增加了4个文件。
5.4. 右键点击工程 ->Debug As->Android Native Application。
在需要调试的位置设好断点，开始C源码级调试。
6.参考资料
http://download.csdn.net/download/bigmaxim/5474055
http://xzhoumin.blog.163.com/blog/static/408811362013230517254/