为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小

bam文件是Sam 文件的二进制压缩格式,保留了与sam 完成相同的内容信息

BAM 文件是压缩的二进制文件,对文件内容排序之后相似的内容排在一起,使得文件压缩比提高了,因此排序之后的 BAM 文件变小了,

相对应的 SAM 文件就是纯文本文件,对 SAM 文件进行排序就不会改变文件大小。

参考来源:

https://www.jianshu.com/p/0a6111f9a183

原文地址:https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/11636998.html

时间: 2024-08-27 07:59:05

为什么 BAM 文件 sort 之后体积会变小的相关文章

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

视频文件怎么在线压缩变小的

视频文件怎么在线压缩变小的,在社交平台发展迅速的时代,视频传播也成了一种潮流,但是有的视频文件体积过大,导致传播的时候出现失败等现象,那如何把视频文件压缩表小呢.第一步:打开电脑进入浏览器,找到迅捷在线压缩网站.第二步:进入在线网站界面后,在首页有三个在线压缩功能,选择最后一个在线视频压缩. 第三步:点进在线视频压缩后,点击添加文件,在弹出的文件框内添加提前准备好的文件或直接拖曳文件至页面内. 第四步:添加完需要压缩的视频后,设置需要压缩视频的参数,点击开始压缩按钮.第五步:压缩时间大概在20秒

一键解决pdf文件太大如何变小的难题

PDF文件是适用于文件下发,阅读等便捷的电子文件格式,在传输发送的过程中,我们PDF文件较大的情况下,就需要将PDF文件压缩,那么PDF文件太大如何变小呢?对于PDF文件压缩不是太了解的用户可能就想不到好的办法解决,本文将教大家一键解决pdf文件太大如何变小的难题. 1.首先,我们需要了解的是PDF文件进行压缩,我们这里是需要借助到一款叫作迅捷PDF转换器的软件,所以,现在需要做的就是打开浏览器,在电脑上下载安装.软件下载:pdf压缩器http://www.newasp.net/soft/213

如何压缩pdf文件 把pdf文件变小

许多文档资料在进行传输时都是用PDF格式,虽然PDF文件本身就是易传输的文档,但是有些文件资料,尤其图片内容较多文档,动则几十兆甚至上百兆,这在传输文件时极不方便.而且文件过大,在打开文件时可能会使系统卡死.所以在传递一些文档资料的时候都会将其压缩一下,这样可以有利于文件的传输已经打开查看. PDF压缩不是指将文件弄成.RAR或.ZIP之类的压缩文件,而是在不改变文件格式的情况下,将文件所占存储变小.因此这需要用PDF压缩器,而不是普通的压缩软件.使用工具:PDF压缩软件操作步骤: 打开PDF压

PDF文件在线压缩变小的方法

  PDF文件在线压缩的方法有?PDF文件太大会导致上传文件上传不上,当PDF很小的时候就可以进行压缩变小,PDF文件是怎么压缩变小的呢?那么下面小编就简单的给大家介绍一下将PDF在线压缩的简单方法吧. 1.    首先需要进行在线压缩的方法很简单,准备好PDF文件,然后直接进入到在线压缩中: 2.    进入之后就可以进行压缩类型的设置,选择一下压缩质量,然后进行文件的添加: 3.    添加文件时可以是需要进行文件的直接拖拽或是点击选择文件进行上传: 4.    等文件上传好之后就可以进行压

把音频文件压缩变小的方法

有时候一个音频文件比较大,传输以及使用很不方便,需要把文件压缩变小,这里就提供一种压缩的工具. 注意,压缩音频文件是以降低码率为代价的,可能会影响音频效果 码率计算公式 基本的算法是:[码率](kbps)=[文件大小](字节)X8/[时间](秒)/1000 音频文件专用算法:[比特率](kbps)=[量化采样点](kHz)×[位深](bit/采样点)×[声道数量](一般为2) 软件准备 酷狗音乐 开始压缩 1.准备好一个需要压缩的音频文件. 查看属性可以看到,这个文件有200多M 2.打开酷狗音

Pysam 处理bam文件

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: import pysam bf = pysam.AlignmentFil

视频压缩软件怎么将文件变小?教你快速压缩的方法

视频压缩软件怎么将文件变小?随着制作视频的小伙伴越来越多,大家都想把制作好的视频上传到一些平台分享自己的作品.但是我们在上传视频的时候经常会因为视频文件过大而导致文件不能正常上传,因此我们要用视频压缩软件将文件变小.那我们该怎么使用视频压缩软件压缩视频呢?下面分享一个搞定压缩视频的方法. 视频压缩软件https://www.xunjieshipin.com/download-converter 压缩方法:首先在电脑上安装一个可以将视频文件变小的视频压缩软件,看到初始页面有视频转换和视频分割等九种

图片太大怎么在线压缩变小

图片太大怎么在线压缩变小,在上传图片至一些博客,自媒体,论坛等页面时,经常会因为图片太大而导致上传失败,那有没有什么好的方法去解决呢,答案自然是有的,接下来就跟着小编一起将图片压缩变小把. 第一.打开电脑,进入电脑上的浏览器,点开迅捷在线压缩网站. 第二.点入在线压缩的界面后,会看到有三个选项,分别是在线PDF压缩.在线图片压缩.在线视频压缩.我们点击在线图片压缩. 第三.进入在线图片压缩后,点击添加图片在弹出的文件框内加入提前准备好的图片或直接拖曳图片文件至网页里. 第四.添加完需要压缩的图片