测序领域常用名词解释

kb=千碱基 kilobase

nt=核苷酸 nucleotide

bp=碱基对 base pair

高通量测序

高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS),有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS),又被称为深度测序(Deep sequencing)

基因组重测序(Genome Re-sequencing)

全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法

de novo测序

也称为从头测序

外显子测序(whole exon sequencing)

mRNA测序(RNA-seq)

small RNA测序

Small RNA(micro RNAs、siRNAs和 pi RNAs)

miRNA(microRNA)测序

Chip-seq

染色质免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法

CHIRP-Seq

CHIRP-Seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量测序方法

metagenomic(宏基因组)

Read

高通量测序平台产生的序列标签就称为reads

Contig

拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)

Contig N50

Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig 1,Contig 2,Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例:Contig 1+Contig 2+ Contig 3+Contig 4=Contig总长度*1/2时,Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准

Scaffold

基因组de novo测序,通过reads拼接获得Contigs后,往往还需要构建454 Paired-end库或lllumina Mate-pair库,以获得一定大小片段(如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb)两端的序列。基于这些序列,可以确定一些Contig之间的顺序关系,这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold

Scaffold N50

Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序,如获得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时,最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例:Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时,Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准

测序深度和覆盖度

测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M,测序深度为10X,那么获得的总数据量为20M。覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序,覆盖度是98%,那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的

转录本重构

用测序的数据组装成转录本。有两种组装方式:1,de-novo构建; 2,有参考基因组重构

时间: 2024-10-10 07:50:23

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虚拟机内存区常见名词: 栈帧(Frames): 栈帧是用来存储数据和部分结果,以及执行动态链接.方法返回值和异常信息的. 每次方法的调用都会生成一个栈帧,然后将该栈帧进行压栈.当方法结束后,该栈帧将会出栈.被销毁. 无论是正常结束还是异常结束. 每个栈帧都是自己的局部变量表.操作数栈.以及对当前方法类的运行时常量池的引用. 由当前线程创建的帧不能被其它线程引用. 局部变量(Local Variables): 每个栈帧包含一个叫局部变量的变量数组,它的长度在编译的时候确定. 单个局部变量可以保存类

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1. QPS Queries Per Second意思是“每秒查询率”,是一台服务器每秒能够响应的查询次数,是对一个特定的查询服务器在规定时间内所处理流量多少的衡量标准. [QPS计算PV和机器的方式] QPS统计方式 [一般使用 http_load 进行统计]QPS = 总请求数 / ( 进程总数 *   请求时间 )QPS: 单个进程每秒请求服务器的成功次数 单台服务器每天PV计算公式1:每天总PV = QPS * 3600 * 6公式2:每天总PV = QPS * 3600 * 8 服务器

java常用英文解释

java常用名词解释: OO: object-oriented ,面向对象 OOP:object-oriented programming,面向对象编程 Author:JCC Object:对象JDK:Java development kit, java开发工具包 JVM:javavirtual machine ,java虚拟机 Compile:编绎 Run:运行Class:类 System:系统 out:输出 print:打印 line:行 variable:变量 type:类型 get:得到

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