在mysql中数据文件存放于在my.cnf中datadir指定的路径，使用的表引擎不同产生的文件格式、表文件个数也会有所差异。mysql的表引擎有多种，表的扩展名也不一样，如innodb用“ .ibd”，archive用“.arc ”，csv用“.csv”等。
myisam表引擎
myisam表会产生三个文件：MYI、MYD、frm文件
frm文件：
主要存放表的元数据(meta)，包括表结构定义信息等。不论是哪个表引擎都会有一个frm文件，存放在数据库的数据目录下。
.MYI文件（索引文件）：
主要存放myisam的索引信息可以被cache的内容主要源于 .MYI文件中，每个myisam表对应一个 .myi文件，存放的位置与 .frm 、MYI一样。
innodb引擎
使用innodb引擎时，需要理解独立表空间、共享表空间。
独立表空间：每个表都会生成以独立的文件方式来存储，每个表都一个.frm的描述文件，还有一个.ibd文件。其中这个文件包括了单独一个表的数据及索引内容，默认情况下它的存储在mysql指定的目录下。
独立表空间优缺点：
优点：
每个表都有自己独立的表空间；每个表的数据和索引都会存储在各个独立的表空间中；可以实现 单表 在不同的数据进行迁移；表空间可以回收（除了drop table操作，表空不能自己回收）；drop table 操作自动回收表空间，如果对统计分析或是日值表，删除大量数据后可以通过 ：alter table tablename engin=innodb进行回缩不用的空间；对于使用inodb-plugin的innodb使用truncate table会使用空间收缩。；对于使用独立表空间，不管怎么删除 ，表空间的碎片都不会太严重。
缺点：
单表增加过大，如超过100G。对于单表增长过大的问题，如果使用共享表空间可以把文件分开，但有同样有一个问题，如果访问的范围过大同样会访问多个文件，一样会比较慢。对于独立表空间也有一个解决办法是：使用分区表，也可以把那个大的表空间移动到别的空间上然后做一个连接。其实从性能上出发，当一个表超过100个G有可能响应也是较慢了，对于独立表空间还容易发现问题早做处理。
共享表空间：某一个数据库所有的表数据，索引文件全部都放在一个文件 中，默认这个共享表空间的文件路径在data目录下，默认的文件名为 bata1,初始化为10M。
共享表空间优缺点
优点：可以将表空间分成多个文件存放在各个磁盘上（表空间文件大小不受表大小 的限制，如一个表可以分布在不同的文件上），数据和文件放在一起方便管理。
缺点：所有的数据和索引存放 到一个文件中，将来会是一个很大的文件，虽然 可以把一个大文件分成多个小文件，但是多个表及索引在表空间中混合存储，这样对一个表做了大量删除操作后表空间将有大量的空隙，特别是对统计分析、日值系统这类应用最不适合用共享表空间。
如何开启独立表空间？
查看是否开启独产表空间：
mysql> show variables like ‘%per_table‘;
+-----------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+-----------------------+-------+
| innodb_file_per_table | OFF |
+-----------------------+-------+
设置开启：
在my.cnf文件中[mysqld] 节点下添加innodb_file_per_table=1
注：
innodb_file_per_table值来进行修改即可，但是对于之前使用过的共享表空间则不会影响，除非手动的去进行修改或者是
innodb_file_per_table=1 为使用独占表空间
innodb_file_per_table=0 为使用共享表空间
修改独占空表空间的数据存储位置
innodb_data_home_dir = "C:\mysql\data\"
innodb_log_group_home_dir = "C:\mysql\data\"
innodb_data_file_path=ibdata1:10M:autoextend
innodb_file_per_table=1
参数说明:
这个设置配置一个可扩展大小的尺寸为10MB的单独文件，名为ibdata1。没有给出文件的位置，所以默认的是在MySQL的数据目录内。【对数据来进行初始化的设置】
innodb_data_home_dir 代表为数据库文件所存放的目录
innodb_log_group_home_dir 为日志存放目录
innodb_file_per_table 是否使用共享以及独占表空间来
以上的几个参数必须在一起加入。
对于参数一些注意的地方
InnoDB不创建目录，所以在启动服务器之前请确认”所配置的路径目录”的确存在。这对你配置的任何日志文件目录来说也是真实的。使用Unix或DOS的mkdir命令来创建任何必需的目录。
通过把innodb_data_home_dir的值原原本本地部署到数据文件名，并在需要的地方添加斜杠或反斜杠，InnoDB为每个数据文件形成目录路径。
如果innodb_data_home_dir选项根本没有在my.cnf中提到，默认值是“dot”目录 ./，这意思是MySQL数据目录。
replication相关文件
1.master.info文件
master.info文件存放在slave端的data目录下，里面存的是slave对应的master端所读取到的相关信息，包括master的主机地地，连接用户、密码、端口，当前日志位置、已读取到的日志位置等信息。
2.relay log 和relay log index
mysql-relay-bin.xxxxxn文件用于存放Slave端的I/O线程从Master端所读取到的BinaryLog信息，然后由Slave端的SQL线程从该relaylog中读取并解析相应的日志信息，转化成Master所执行的SQL语句，然后在Slave端应用。mysql-relay-bin.index文件的功能类似于mysql-bin.index，同样是记录日志的存放位置的绝对路径，只不过他所记录的不是BinaryLog，而是RelayLog。
3. relay-log.info文件
类似于master.info，它存放通过Slave的I/O线程写入到本地的relaylog的相关信息。供Slave端的SQL线程以及某些管理操作随时能够获取当前复制的相关信息
其他文件
1、systemconfigfile
MySQL的系统配置文件一般都是“my.cnf”，Unix/Linux下默认存放在"/etc"目录下，Windows环境一般存放在“c:/windows”目录下面。“my.cnf”文件中包含多种参数选项组（group），每一种参数组都通过中括号给定了固定的组名，如“[mysqld]”组中包括了mysqld
服务启动时候的初始化参数，“[client]”组中包含着客户端工具程序可以读取的参数，此外还有其他针对于各个客户端软件的特定参数组，如mysql程序使用的“[mysql]”，mysqlchk使用的“[mysqlchk]”，等等。如果读者朋友自己编写了某个客户端程序，也可以自己设定
一个参数组名，将相关参数配置在里面，然后调用mysql客户端api程序中的参数读取api读取相关参数。
2、pidfile
pid file是mysqld应用程序在Unix/Linux环境下的一个进程文件，和许多其他Unix/Linux服务端程序一样，存放着自己的进程id。
3、socketfile
socket文件也是在Unix/Linux环境下才有的，用户在Unix/Linux环境下客户端连接可以不通过TCP/IP网络而直接使用UnixSocket来连接MySQL。