可视化工具之 IGV 使用方法

首先需要一个远程控制工具：

这里使用 VNC，网上下载破解版，安装。

开启 linux 的 VNCserver，开启了之后，linux上会显示节点和端口，用于Windows端的连接。

运行 VNC 客户端里的 IGV.sh 开启可视化程序。

载入参考基因组数据

载入排序后的bam文件

BWA出来的sam文件无法直接被 IGV 利用的，必须经过 samtools 处理后才能被 IGV 显示出来。

samtools view [email protected] 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam

samtools sort [email protected] 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted

samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai

samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt

wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt

更多的使用细节参照 samtools 使用方法。

VNC 需要调节分辨率

IGV 需要设置内存,在看大型基因组时很吃内存.

参考资料:

IGV官网

IGV User Guide  和  HTML版本

IGV软件使用指南(博客)