Illumina测序原理

1.illumina测序原理

由于现在手头所分析的RNA-seq要用到的数据全部是来自与Illumia测序，所以决定先看看Illumina的测序原理。

决定先看youtube上的陈巍学基因。

https://www.youtube.com/watch?v=VvS8NEJGxnM

其中的一些注意点：

1）adapter是接头，分为pcr扩增接头和测序接头，分别用于文库构建和测序的引物。
index是索引序列，为区分不同样本而构建。高通量测序一次一块板要加好多样品，如果你的样品少那单独测你的测序公司就亏了，因此把你的和别人的样品放到一起，分别加个index用以区分，测序结束后就可以根据index来分离单个样本了

2）双端测序，应该是先从第一链的接头那里开始测，测完后，从第二链的接头那里开始测，并非是在一条链上两端测序

时间： 2024-12-28 08:28:36

Illumina测序原理的相关文章

illumina 测序原理

一些常用基本概念的介绍: flowcell流动池 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane通道 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 指一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测150bp junction 上面说的双端测序,中间会留有20

NGS基础 - 高通量测序原理

NGS基础 - 高通量测序原理 原创: 赑屃 生信宝典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析.ChIP-seq分析.DNA甲基化分析.重测序分析五部分内容. NGS基础系列文章包括高通量测序原理,测序数据获取和质量评估,常见文件格式解释和转换4部分. 本文 (高通量测序原理) 涉及测序文库构建原理.连特异性文库的构建方式和识别方法.测序簇生成过程.双端测序过程.测序接头产生.PCR duplicate.测序通量选择标准等. 原文地址:https://www.cnblog

中科院生物信息学题目整理

1.什么是生物信息学,如何理解其含义? 答:生物信息学有三个方面的含义: 1)         生物信息学是一个学科领域,包含着基因组信息的获取.处理.存储.分配 .分析和解释的所有方面. 2)         生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言,特别是非编码区的实质:同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测:其本质是识别基因信号. 3)         生物信息学的研究目标是揭示"基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律"

生物信息前期入门大纲

零.前言 "不懂就问",但是这里的"问"是指问百度和谷歌,实在不懂再问人! 上谷歌教程,参考文章:谷歌浏览器插件与电脑软件推荐 (1)生信论坛推荐 生信技能树(生信菜鸟团),有很多优秀的帖子,以及对应的微信公众号,其它生信微信公众号优秀的文章它会转载,所以关注这个够了,历史消息值得翻阅一遍: PLoB:https://www.plob.org/ Biostars,国外生信论坛 (2)文本文件浏览软件 nodepad++.sublime text.破解版的UE 一.l

测序简史

测序简史 一代 二代测序 三代测序 一文从一代到最新的测序技术,希望能够帮助你. 序 这几天天气很热,热的人心惶惶.因此一直提上日程的所谓的测序简史,也没有时间去好好的落实.中途找过一个行业内的颇有影响力的人,但是他由于种种原因,也没有能踏踏实实的去做这件事情.几经周折,这个任务还是落到了我自己的肩上. 于是乎,我鼓鼓勇气,尝试着去把这段从1977年到2017年的漫长而又渺小的四十年说的有趣些儿. 当我起笔去写这篇文章的时候,小伙伴们还在工作室因为某个服务器后台技术争论不了,这样看来生信人团队还

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生 任鲁风  于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G

FastQC 测序质量

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fastq.gzip 压缩的 fastq.SAM.BAM 等格式,在不指定文件类型的情况下,FastQC 会根据文件的名字来推测文件的类型: 以 .sam 或者 .bam 结尾的文件会被当作 SAM/BAM 文件来打开,并统计 mapped 和 unmapped reads 在内的所有 reads:其它

Illumina Sequence Identifiers 序列标识符 index详解

大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的. 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们. 本文主题:Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解

生信学习-二代测序知乎专栏总结[转]

转自:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair 碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 只一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测