众所周知，企业是一个循环体，每个岗位、每个部门都不是孤立的、静止的，而是彼此有联系的、是运动的。供需链上有物流、资金流、信息流、增值流、工作流五种基本“流”在流动。这样一个循环体其流动路径越顺畅速度越快效益越高；反之，如路径堵塞或割裂便会出现涡流甚至瘫痪。要保证路径顺畅就要有严格的管理制度打基础，还要具备有效的监督与激励机制来保驾护航。这需要内功、需要磨合、需要积累，需要升华。
1、ERP实施与信息孤岛的问题
因为企业情况发展不一致，一些实力弱小的民营中小企业存在这种情况： 购买一套ERP软件， 仅仅只使用供产销之类的软件，财务部门使用的是不相关的另一套电算化总账软件，如果需要集成的数据就从两种软件中另外制作各种电子表。
财务月末做材料账就从进销存系统中打印出来，做账前还需核对进销存软件的信息。这种方式极大地浪费了财务人员的精力，使其精力集中于最基本的核对上，也没有使得软件发挥出作用。造成这种情况一方面是经营者不懂得ERP的实质，不懂企业资源可以转化成财务信息，人为造成一个个信息孤岛。另一方面是企业的急功近利并未考虑企业以后的发展需要，只图便宜了事，结果因为短视及其财力受限而造成很大的财力、人力上的浪费。
2、部分企业使用ERP系统时存在生搬硬套，削足适履现象
现实中有相当一部分企业看到ERP在使用成功的企业中发挥了良好的作用，于是不顾企业的实际情况，单纯模仿，甚至完全照搬先进的同行公司的经验流程， 以为这是一味包治百病的良药，而不能客观辩证地看待这个系统，不明白选择与企业流程匹配高一些的ERP通用产品， 然后在此基础上依据企业的实际需求来进行二次开发就会容易很多，也花费比较少。如果存在这种现象，ERP在企业财务管理中的应用就变得举步维艰，甚至是在管理中起了反作用。
3、部分企业使用ERP后财务信息严重失真
财务信息的正确性是企业非常关心的问题。信息失真的原因如下：
(1)因为ERP中业务部门即供产销等部门在输入信息，此部分信息集成转化成财务信息，这部分原始数据输入错误而财务人员并不知情， 于是导致财务报表失真，结果就会影响财务信息使用者的决策。
(2)期初数据不真实，不论是库存还是财务的期初数应该是账实相符，保证期初数据的准确，特别是牵涉到繁杂的物料，实践中常出现的报表失真是期初数据不准确的原因。
(3)基础数据准备不充分，也未进行持续改进。ERP正式上线前企业得花足够的时间，在物料编码的制订、产品BOM 的维护，设置业务信息到财务信息的转化等方面进行设置及调试，保证单个模块及模块之间系统的顺畅运行。这就为ERP正式运行打下了坚定的基础。