利用DAVID简单的进行GO富集度分析(这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面)
比如我们有一组要分析的基因:TRPV6 CXADR PROM1 GRAMD2 SOX10 GPRIN2 VANGL2 GRHL1 BCL11A MROH8(这里用的是关于人的基因名)
首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation:
在左边的框里面按提示输入,步骤1,输入你的ID号,这里可以是基因ID,也可以是基因名,或者是其它的,但是如果你是基因名,则在步骤2选择GENE SYMBOL
选好后,点提交:
点击确定,就出现下面:
选择人类的类型(Homo sapiens),点击select Species:
点击右边的Gene_Ontology,在GO的三大类中,可以看出在BP中,我们提交的10个基因中有7个在BP中对应有GO Term项。同理还有CC,MF的也可以看出。
本人还在学习当中,如有不对请指出。
时间: 2024-10-30 16:56:55