PS：innodb这种引擎,与MYISAM引擎的区别很大.特别是它的数据存储格式等.对于innodb的数据结构,首先要解决两个概念性的问题: 共享表空间以及独占表空间.
1、什么是共享表空间和独占表空间
共享表空间以及独占表空间都是针对innodb表的数据存储而言的,ibdata1为innodb引擎的存储数据与索引的数据文件,ib_logfile0与ib_logfile1为innodb引擎使用的日志文件
共享表空间: mysql服务器中所有数据库的innodb表(数据,索引)全部放在一个文件中,默认这个共享表空间的文件路径在data目录下. 默认的文件名为:ibdata1 初始化为10M.
独占表空间: 每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储,每一个表都有一个.frm表描述文件,还有一个.ibd文件. 其中这个文件包括了单独一个表的数据内容以及索引内容,默认情况下它的存储位置也是在表的位置之中.
2、两者之间的优缺点
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共享表空间：
优点：
InnoDB在共享表空间模式下,是支持多文件的,用innodb_data_file_path选项可以配置：
innodb_data_file_path = /disk1/ibdata1:2G;/disk2/ibdata2:2G:autoextend
这样配置就把数据文件分散在了disk1和disk2两个路径下,第一个文件固定2G大小,第二个文件初始化2G,可以自增长.（数据文件大小不受表大小的限制,如一个表可以分布在不同的数据文件上）.数据和文件放在一起方便管理.
缺点：
1.所有的数据和索引存放到一个文件中意味着将有一个很常大的文件,虽然可以把一个大文件分成多个小文件,但是服务器上的所有库中的innodb表及索引在表空间中混合存储,这样对于一个表做了大量删除操作后表空间中将会有大量的空隙,特别是对于统计分析,日值系统这类应用最不适合用共享表空间.
2.共享表空间不会收缩! ibdata1 只会一个劲的增长.对于一台服务器上面n个库而且存在删除库的的情况就郁闷了！ -
独立表空间：
在配置文件（my.cnf）中设置： innodb_file_per_table
优点：
1． 每个表都有自已独立的表空间.
2． 每个表的数据和索引都会存在自已的表空间中.
3． 可以实现单表在不同的数据库中移动.
4． 空间可以回收（除drop table操作处,表空不能自已回收）
a) Drop table操作自动回收表空间,如果对于统计分析或是日值表,删除大量数据后可以通过:alter table TableName engine=innodb;回缩不用的空间.
b) 对于使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也会使空间收缩.
c) 对于使用独立表空间的表,不管怎么删除,表空间的碎片不会太严重的影响性能,而且还有机会处理.
缺点：
单表增加过大,如超过100个G.
对于单表增长过大的问题,如果使用共享表空间可以把文件分开,但有同样有一个问题,如果访问的范围过大同样会访问多个文件,一样会比较慢.对于独立 表空间也有一个解决办法是：使用分区表,也可以把那个大的表空间移动到别的空间上然后做一个连接.其实从性能上出发,当一个表超过100个G有可能响应也 是较慢了,对于独立表空间还容易发现问题早做处理.
相比较之下,使用独占表空间的效率以及性能会更高一点,推荐使用独立表空间的原因：
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从性能上对比共享表空间和独立表空间：
共享表空间在Insert操作上少有优势.其它都没独立表空间表现好.这里也有一个TIPS当启用独立表空间时,请合理调整一下：innodb_open_files .
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从Linux系统处理上出发：
文件系统fsync一大片更新数据,对系统io冲击较大.若分隔成多个小数据fsync,能够减少对读的影响. 同时从mysql代码,发现mysql保证两次fsync之间至少有20ms的sleep,这样的话,若将一次fsync变成多次小数据操作,应该能够减 少慢查询的比例.所以对于大量更新操作的系统不太适合用共享表空间
转自（http://wangying.sinaapp.com/archives/1488）