如果系统启动时自动加载的程序过多，会造成启动速度缓慢，而很多病毒或者木马也是在系统启动时自动加载的。所以了解怎样在Windows中查找自启动程序是非常重要的。
一、在“启动”文件夹中寻找
“启动”文件夹一般位于“系统盘符/Documents and Settings/用户名/开始菜单/程序/启动/”目录(Win 2000/XP)或“系统盘符/WINDOWS/Start Menu/Programs/启动/”目录。通过快捷方式的属性可以查出程序所在的位置。
二、从自动批处理文件中寻找
在Win 98中，Autoexec.bat和Winstart.bat文件中的程序在开机时自动执行；而在Win Me/2000/XP/2003中，这两个批处理文件默认不被执行。
三、从系统配置文件中寻找
在有些系统配置文件中也可以找到自启动程序的踪迹，如Config.sys、Win.ini、System.ini、Wininit.ini和Msdos.sys等。
1.WIN.INI启动：
启动位置（file.exe为要启动的文件名称）：
[windows]
load=file.exe
run=file.exe
注意：load=与run=的区别在于：通过load=运行文件，文件会在后台运行（最小化）；而通过run=来运行，则文件是在默认状态下被运行的。
2.SYSTEM.INI启动：
启动位置（file.exe为要启动的文件名称）：
默认为：
[boot]
Shell=Explorer.exe
可启动文件后为：
[boot]
Shell=Explorer.exe file.exe
WINSTART.BAT启动：
这是一个系统自启动的批处理文件，主要作用是处理一些需要复制、删除的任务。譬如有些软件会在安装或卸载完之后要求重新启动，就可以利用这个复制和删除一些文件来达到完成任务的目的。如：
“@if exist C:WINDOWSTEMPPROC.BAT call C:WINDOWSTEMPPROC.BAT”
这里是执行PROC.BAT文件的命令；
“call filename.exe > nul”
这里是去除任何在屏幕上的输出。
值得注意的是WinStart.BAT文件在某种意义上有和AUTOEXEC.BAT一样的作用。如果巧妙安排完全可以达到修改系统的目的！
四、通过“系统配置实用程序”寻找
在“开始→运行”中键入“msconfig.exe”启动“系统配置实用程序”，进入“启动”选项卡，即可查看随系统启动的程序名称和位置。
注意：Win 2000本身没有Msconfig程序，可以从Win XP/2003中提取。
五、从计划任务中寻找
在“控制面板”中双击“任务计划”就可以查看是否有计划任务随系统一起启动。
六、使用“系统信息”寻找
进入“系统信息”主界面，依次展开分支“软件环境→启动程序”，就可以在右窗格中查看自启动程序名称和位置。
七、使用“组策略”寻找
在Win 2000/XP/2003中，在“开始→运行”中键入“gpedit.msc”，打开“组策略”，依次展开“用户配置→管理模板→系统→登录/注销”，双击“在用户登录时运行这些程序”，单击“显示”按钮，即可查看自启动程序。
八、通过注册表寻找
在注册表中，可以从下列键值中查找自启动程序的名称和位置。
1.Userinit键
位于“HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/WindowsNT/CurrentVersion/Winlogon/Userinit”。这个键允许指定用逗号分隔的多个程序。例如“userinit.exe,OSA.exe”(不含引号)。
2.Explorer/Run键
位于“HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/Explorer/Run”
和“HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/Explorer/Run”。
3.RunServicesOnce键
RunServicesOnce键用来启动服务程序，在用户登录之前启动，具体位置是:“HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServicesOnce”
和“HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServicesOnce”。
4.RunServices键
RunServices键指定的程序在RunServicesOnce指定的程序之后运行，不过仍在用户登录之前。具体位置是：“HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServices”
和“HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/ CurrentVersion/RunServices”。
5.Run键
Run是自动运行程序最常用的键，位置在“HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run”和
“HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run”。
6.Load键
位于“HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/WindowsNT/CurrentVersion/Windows/load”。
另外还有RunOnce、RunOnce/Setup等键。
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/WindowsNT/CurrentVersion/Windows/load
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/Explorer/Run
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServicesOnce
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServices
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunOnce/Setup
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunOnce
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/WindowsNT/CurrentVersion/Winlogon/Userinit
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Policies/Explorer/Run
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServicesOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunServices
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunOnce/Setup
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunOnce
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/RunOnceEx
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run
http://blog.csdn.net/kl222/article/details/1293541