ENIGMA DTI Protocol之详细步骤二

ENIGMA-DTI Skeletonization

1、将每个文件夹下的dti_FA.nii.gz重命名为subject*_FA.nii.gz，代码如下：

for subj in {1..89}
do
mv ./subject${subj}/dti_FA.nii.gz ./subject${subj}/subject${subj}_FA.nii.gz
done

2、在与subject*同一目录下新建一个文件夹/TBSS/run_tbss，并将个subject中的FA数据复制到run_tbss中，代码如下：

for subj in {1..89}
do
cp ./subject*/subject*_FA.nii.gz ./TBSS/run_tbss/
done

3、erode images　　

　　进入到run_tbss目录下，在终端输入tbss_1_preproc *.nii.gz（目的是erode images），这一步将会在run_tbss目录下新建两个文件夹:

• FA：存放经过处理的数据
• origdata：存放原始数据

4、配准到模板

（1）在TBSS目录下新建一个文件夹，命名为ENIGMA_targets，下载下面链接中的文件，并存放在ENIGMA_targets中：http://enigma.ini.usc.edu/wp-content/uploads/2013/02/enigmaDTI.zip。该压缩文件共包含5个nii.gz文件：

• ENIGMA_DTI_FA.nii.gz
• ENIGMA_DTI_FA_mask.nii.gz
• ENIGMA_DTI_FA_skeleton.nii.gz
• ENIGMA_DTI_FA_skeleton_mask.nii.gz
• ENIGMA_DTI_FA_skeleton_mask_dst.nii.gz

（2）将ENIGMA_DTI_FA.nii.gz文件复制到run_tbss目录下，并进入到该目录，在终端输入以下两条命令：

tbss_2_reg –t ENIGMA_DTI_FA.nii.gz
tbss_3_postreg -S

　　第一条命令主要是将FA文件夹下的数据与ENIGMA模板进行配准，每个数据需要5到10分钟时间。　　

　　第二条命令:The tbss_3_postreg script applies these registrations to take all subjects into 1x1x1mm standard space. Next, all subjects‘ standard space nonlinearly aligned images are merged into a single 4D image file called all_FA, created in a new subdirectory called stats. The mean of all FA images is created, called mean_FA, and this is then fed into the FA skeletonisation program to create mean_FA_skeleton. 将会在run_tbss目录下新建一个stats文件夹，文件夹内包含4个文件：

• all_FA.nii.gz
• mean_FA.nii.gz
• mean_FA_mask
• mean_FA_skeleton.nii.gz 

5、为每个subject生成masked_FAskel.nii.gz

（1）在run_tbss下新建一个文件夹命名为FA_individ,并在FA_individ下建立文件夹subject1...subjectN，每个subject再新建一个FA文件夹和stats文件夹，将FA文件夹下的nii.gz文件复制到新建立的每个subject下的FA文件夹中，可用如下代码实现：

for subj in {1..89}
do
mkdir -p ./FA_individ/subject${subj}/stats/
mkdir -p ./FA_individ/subject${subj}/FA/
cp ./FA/subject${subj}_*.nii.gz ./FA_individ/subject${subj}/FA/
####[optional/recommended]####
${FSLDIR}/bin/fslmaths ./FA_individ/subject${subj}/FA/subject${subj}_*FA_to_target.nii.gz -mas ENIGMA_DTI_FA.nii.gz ./FA_individ/subject${subj}/FA/subject${subj}_masked_FA.nii.gz
done

（2）Skeletonize images

for subj in {1..89}
do
${FSLDIR}/bin/tbss_skeleton -i ./FA_individ/subject${subj}/FA/subject${subj}_masked_FA.nii.gz -p 0.049 ENIGMA_DTI_FA_skeleton_mask_dst.nii.gz LowerCingulum_1mm.nii.gz ./FA_individ/subject${subj}/FA
/subject${subj}_masked_FA.nii.gz ./FA_individ/subject${subj}/stats/subject${subj}_masked_FAskel.nii.gz -s ENIGMA_DTI_FA_skeleton_mask.nii.gz
done

其中，FSLDIR是在安装fsl时设置的变量。运行完上述脚本后将在每个subject的stats文件夹下生成一个subject*_masked_FAskel.nii.gz文件（此时，该文件夹下只有这一个文件）。

PS：由于数据量大，经常需要修改文件名，下面的命令用于将同一文件夹下的文件的文件名中的subject89字符串替换为subject87字符串。该命令为Ubuntu下的命令形式，有别于其他linux系统。

rename ‘s/subject89/subject87/‘ subject89*