1.对于安装版，比较方便了，直接运行tomcat6w.exe，选择Java选项卡，
在这里，可以设置初始化内存，最大内存，线程的内存大小。
初始化内存：如果机器的内存足够大，可以直接将初始化内存设置为512M，如果机器内存较小可适当调小，对于运行了EJB的应用，最好不要低于128M。
最大内存：最大内存目前设置为512M.
线程内存大小：目前配置为1024KB，这也是JDK5.0后的默认配置。
对于容器下运行了多个WEB应用时，尽量将相同的JAR包转移到TOMCAT的lib下，此外还需要在JAVA OPTIONS加上如下配置：
-XX:PermSize=16m
-XX:MaxPermSize=128m
此配置表示JAVA永久保存区域（即不会被虚拟机回收）初始大小为16M，最大为128M。
如在我的项目中，我就需要做如下修改：
然后在Java options中的最后，加上
-Xmx784m
-XX:MaxPermSize=512m
-XX:ReservedCodeCacheSize=128m
2.对于绿色版本，
要找到\bin\Catalina.bat 文件，如果在windows环境下，
%_EXECJAVA% %JAVA_OPTS% %CATALINA_OPTS% %DEBUG_OPTS% -Djava.endorsed.dirs="%JAVA_ENDORSED_DIRS%" -classpath "%CLASSPATH%" -Dcatalina.base="%CATALINA_BASE%" -Dcatalina.home="%CATALINA_HOME%" -Djava.io.tmpdir="%CATALINA_TMPDIR%" %MAINCLASS% %CMD_LINE_ARGS% %ACTION%
在 %DEBUG_OPTS% 后面添加 -Xmx784m -Xms256m -Xmx512m
也有人说，在
只需要在文件的头部加上"set JAVA_OPTS=-Xms512m -Xmx512m -Xss1024k”，数值分别对应了初始化的最小内存，最大内存，线程内存大小。如果JDK的版本是5.0之后的，线程内存可以不用设置。
在linux环境下：
打开在Tomcat的安装目录的bin文件的catalina.sh文件,进入编辑状态.
在注释后面加上如下脚本:
JAVA_OPTS=‘-Xms512m -Xmx1024m‘
JAVA_OPTS="$JAVA_OPTS -server -XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=256m"
其中 JAVA_OPTS=‘-Xms512m -Xmx1024m‘ 是设置Tomcat使用的内存的大小.
-XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=256m 指定类空间(用于加载类)的内存大小
保存后，重新以命令行的方式运行 tomcat ，即可，然后通过最后面介绍的如何观察tomcat现有内存情况的方法进行查看是否已经变更成功。
参考文章：
http://www.cnblogs.com/jerome-rong/archive/2013/07/22/3205731.html
http://www.360doc.com/content/11/0628/21/3804236_130206311.shtml
PermGen space错误解决方法
在看下文之前，首先要确认意见事情，就是你是如何启动tomcat的，我们在平时的开发环境当中，都是通过startup.bat方式启动tomcat的，那么你按照下面的方式，去修改/bin/catalina.bat是没有问题的。但是如果你是生产环境下，我们一般都希望使用windows服务方式去启动tomcat，此时之前修改的配置文件是没有用的。因为windows服务启动tomcat不再去加载catalina.bat当中的参数了，而是去加载注册表中的参数，所以我们需要修改注册表。
HKEY_LOCAL_MACHINE/SOFTWARE/Apache Software Foundation/Procrun 2.0/Tomcat_APPNAME/Parameters/Java，修改JvmMs和JvmMx的值，当前我都将其设定为1024，也就是1个G的容量。具体性能再后面继续观察。 之前还真不知道windows服务启动和startup.bat启动的区别。 windows服务器启动是在注册表中加载参数，startup.bat启动是在catalina.bat加载参数。
3.原因：
PermGen space的全称是Permanent Generation space,是指内存的永久保存区域,这块内存主要是被JVM存放Class和Meta信息的,Class在被Loader时就会被放到PermGen space中,它和存放类实例(Instance)的Heap区域不同,GC(Garbage Collection)不会在主程序运行期对PermGen space进行清理，所以如果你的应用中有很多CLASS的话,就很可能出现PermGen space错误,这种错误常见在web服务器对JSP进行pre compile的时候。如果你的WEB APP下都用了大量的第三方jar, 其大小超过了jvm默认的大小(4M)那么就会产生此错误信息了。
4.解决方法1：
手动设置MaxPermSize大小，如果是linux系统，修改TOMCAT_HOME/bin/catalina.sh，如果是windows系统，修改TOMCAT_HOME/bin/catalina.bat，
在“echo "Using CATALINA_BASE: $CATALINA_BASE"”上面加入以下行：
JAVA_OPTS="-server -XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=128m
建议：将相同的第三方jar文件移置到tomcat/shared/lib目录下，这样可以达到减少jar 文档重复占用内存的目的。
5.解决方法2
修改eclipse.ini文件，修改如下：
-vmargs -Dosgi.requiredJavaVersion=1.5 -Xms128m -Xmx512m -XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=128M
如果还报错，可以考虑如下修改
-vmargs -Dosgi.requiredJavaVersion=1.5 -Xms512m -Xmx1024m -XX:PermSize=256M -XX:MaxPermSize=512M
参考：
http://www.cnblogs.com/xwdreamer/archive/2011/11/21/2296930.html