Jre 是java runtime environment, 是java程序的运行环境。既然是运行，当然要包含jvm，也就是大家熟悉的虚拟机啦，还有所有java类库的class文件，都在lib目录下打包成了jar。大家可以自己验证。至于在windows上的虚拟机是哪个文件呢？学过MFC的都知道什么是dll文件吧，那么大家看看jre/bin/client里面是不是有一个jvm.dll呢？那就是虚拟机。
Jdk 是java development kit，是java的开发工具包，里面包含了各种类库和工具。当然也包括了另外一个Jre. 那么为什么要包括另外一个Jre呢？而且jdk/jre/bin同时有client和server两个文件夹下都包含一个jvm.dll。说明是有两个虚拟机的。这一点不知道大家是否注意到了呢？
安装JDK后，Java目录下有jdk和jre两个文件夹，但jdk下还有一个jre文件夹，而且这个jre比前面那个jre在bin目录下多了个server文件夹！
普通用户装jre即可。开发人员需要安装jdk，其中包括jre。所以jdk目录下包括jre目录。两个jre大体相同，有细微的差别。
两套 jre ，是针对不同的工作职责！不同的 jre 负责各自范围的内容。
当用户只需要执行 java 的程序时，那么C:\Program Files\Java\jre1.5.0_08的 jre 就 ok ！
当用户是 java 程序员，则需要 java 开发环境。编译时，系统就会优先去找C:\Program Files\Java\jdk1.5.0_08\bin下的“ java 、 javac ”这些命令所在目录或者他们的父目录的 jre 。即开发环境下运行的是 jdk 下的 jre 。
再说三个lib目录：
JDK下的lib包括java开发环境的jar包，是给JDK用的，例如JDK下有一些工具，可能要用该目录中的文件。例如，编译器等。
JRE下的lib只是运行java程序的jar包，是为JVM运行时候用的。包括所有的标准类库，和扩展类。
JDK下的JRE下的lib是开发环境中，运行时需要的jar包。最典型的就是导入的外部驱动jar包。因为编译时，系统找的是jdk下的jre。而不是最外层的jre。
最后我在这里补充几点:
1. 在使用Eclipse的时候不需要指定的CLASSPATH,Eclipse会自己搜索.
2. 独立目录下的jre是通用jre,安装时是可选的（选择了，则会覆盖已有版本）。jdk目录下的jre则是必须的。如果你在eclipse里指定jdk的路径（jre的路径不用你指定，会自己去找的），那么用的就是这个jre。而java, web, start等，用的则是通用jre。
参考：https://www.douban.com/note/355408223/
http://www.cnblogs.com/bukudekong/archive/2011/06/27/2091504.html