原文网址：http://www.cnblogs.com/huangtailang/p/3925157.html
主要原因是：
两个文件行尾标题不一致而导致的，一个是PC，一个是Unix
解决办法：
随便比较文件夹中的两个文件，点击规则,去掉比较行尾（pc/mac/unix）选项，点击确认，回到文件夹比较界面，刷新一下
参考：
http://zhidao.baidu.com/question/586124694.html
http://www.scootersoftware.com/support.php?zz=kb_samebutdifferent
http://www.scootersoftware.com/help/index.html?text_compare_importance.html
从一次失败的文本比较谈一谈BeyondCompare比较规则的设置
原文网址：http://lirui.blog.51cto.com/2336974/793300
Beyond Compare（简称BC） 是一款功能强大的文件比较工具，平时的代码合并时经常使用这个工具进行。在一次代码比较的过程中发现了这样的现象：虽然source文件的内容相同，但是BC显示两文件有差异（如下图所示）：
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我们注意到这两个文件的编码和文件大小不同，但是文本内容却是一模一样的。那么原因是什么呢？到底该怎样比较这样的source文件呢？
首先来解释下为什么内容相同但是文件大小不同的问题，这个问题的根本原因就是不同操作系统下回车（Carriage Return -- CR）换行（Line Feed -- LF）的处理不同：
Windows用CR+LF 来表示一行的结束；
unix 、Mac OS X 用LF来表示一行的结束；
Mac OS 至 Mac OS9用CR来表示一行的结束。
提示：更多信息请参考new line
也就是说同样的多行文字，在windows下存储表示的文本文件就要比其他操作系统（如 Linux，Mac）下的文件大，大多少呢？文件有多少行就大多少字节。
就拿上面的例子来说，文件一共有9行，因此Windows下的文件就要比Linux下的文件大9字节。
知道了原因，我们应该怎样使用BC来比较这样来自不同操作系统的文件呢？
BC下有这样三种比较的规则：
1. CRC
2. 二进制
3. 基于规则
下面这样的一篇文章很好地解释了这样的问题Files are the Same, but Beyond Compare Says They are Different
通过这样的两部设置就可以来比较这样的文档：
1. 找到会话 --> 会话设置
2. 在"比较"标签下选择"基于规则的比较"
本文出自 “理想与现实” 博客，请务必保留此出处http://lirui.blog.51cto.com/2336974/793300