scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总

细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014) 在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换.最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞.此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列状态的转换. 这些特别提一下,细胞状态(cell state)和细胞亚型(cell subtype)是两

原文: http://www.36dsj.com/archives/24852 本文一共分为上下两部分.我们将针对大数据开源工具不同的用处来进行分类,并且附上了官网和部分下载链接,希望能给做大数据的朋友做个参考.下面是第一部分. 查询引擎 一.Phoenix 贡献者::Salesforce 简介:这是一个Java中间层,可以让开发者在Apache HBase上执行SQL查询.Phoenix完全使用Java编写,代码位于GitHub上,并且提供了一个客户端可嵌入的JDBC驱动. Phoenix查询

[生物技术]单细胞测序方法大比拼 测序技术 导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷.不过,很少有人对这些方法进行系统的比对.慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一 导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷.不过,很少有人对这些方法进行系统的比对.慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单细胞测序方法,包括Smart-seq.CEL-seq.SCRB-

无论是传统的多细胞转录组测序(bulk RNA-seq)还是单细胞转录组测序(scRNA-seq),差异表达分析(differential expression analysis)是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法,可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调(up-regulated)和下调的基因(down-regulated),从而可进一步研究这些差异表达基因的功能,包括富集的通路(pathway)或生物学过程(biological process). 由于单细胞测序技术的局限性,单细胞

Excel中自带了数据分析工具,可以用于基础的数据统计和分析功能,只要在插件中进行选择即可,以Excel2013为例 1.文件-->选项--->加载项 2.管理下拉框中选择Excel加载项,点击"转到" 3.勾选分析工具库.规划求解加载(Solver)项即可 4.在"数据"选项卡中会出现刚才加载的数据分析插件

运维人员必须熟悉的运维工具汇总 操作系统 :Centos※,Ubuntu,Redhat※,suse,Freebsd网站服务 :nginx※,apache※,tomcat※,lighttpd,php※,resin※数据库     :MySQL※,Mysql-proxy,MariaDB,PostgreSQLDB中间件:MyCat,amoeba,MySQL-proxy代理相关:lvs,keepalived,haproxy,nginx,apache,heartbeat(此行都是※)网站缓存:squid※

组名:日光微澜 Github仓库:https://github.com/yangleiwangximin/ 组长:杨磊(计科高职13-3)201303014107 成员:王希敏(计科高职13-3)201303014099.赵林林(计科高职13-3).201303014112 赵书(计科高职13-1)201303014020 姓名 博客地址 托管代码地址 赵书 http://www.cnblogs.com/zhsh/ 第一题https://github.com/yangleiwangximin/t

从零开始学数据分析,什么程度可以找到工作?( 内附20G.5000分钟数据分析工具教程大合集 ) 我现在在Coursera上面学data science 中的R programming,过去很少接触过统计.计算机这两个学科,现在很想转行做数据.问题如下: 1.Data需要学到什么程度可以找工作?2.初级的数据分析会做哪些工作?3.数据分析有什么小方向吗?4.想要深度做数据分析有怎样的建议? 5.统计的学习应该从哪里下手? 本文将给你以上问题所有答案,文末还有UniCareer为大家独家整理的20

如今的移动应用早已不再是某种结构单一.功能简单的工具了.当我们的移动应用变得越来越庞杂,我们便会需要借用分析工具,来跟踪和分析App内的每一个部分.幸运的是,目前市面上有许多数据分析工具可供App开发团队选择. 事实上,这些新一代的数据分析工具,将可以监测发生在App中的每一个细小的事件.如果你曾经想追踪你的用户,知道他们从哪个平台下载了应用.看到你的用户在App内的跳转路径.了解哪个页面在App内最受欢迎,你一定能在以下30款分析工具中找到你的菜. 用户人群细分 1.Upsight (含付费项