bedtools 的安装与使用

1) 安装

bedtools 提供了3种安装方式

• 从google code 下载源代码进行安装
• 利用系统中的包管理工具进行安装， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew
• 从github下载源代码，进行安装

由于访问不了google code,又想编译安装，就从github上下载最新版：https://github.com/arq5x/bedtools2

下载v2.25.0版本的源代码，进行安装

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gz
tar xzvf v2.25.0
cd bedtools2-2.25.0/
make
cd bin/
export PATH=$PWD:$PATH

2) 使用

intersect： 求两个区间的交集，输入文件可以是bed,gff,vcf

准备两个测试文件，

cpg.bed,其内容为

chr1	20	70	CPG_1
chr1	100	120	CPG_2
chr1	150	250	CPG_3

exon.bed,其内容为

chr1	10	40	exon_1
chr1	50	60	exon_2
chr1	130	180	exon_3
chr1	200	280	exon_4

使用默认参数，求这个文件的overlap,运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed

结果为

chr1	20	40	CPG_1
chr1	50	60	CPG_1
chr1	150	180	CPG_3
chr1	200	250	CPG_3

可以看出，默认情况下只输出A中overlap的区域

添加-wa 参数， 再次运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wa

结果为：

chr1	20	70	CPG_1
chr1	20	70	CPG_1
chr1	150	250	CPG_3
chr1	150	250	CPG_3

可以看出，加上-wa 参数后，只要A中的这段区域与B中区域有交集，就输出，而且overlap几次，就输出几次

添加-wb 参数，运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wb

结果为：

chr1	20	40	CPG_1	chr1	10	40	exon_1
chr1	50	60	CPG_1	chr1	50	60	exon_2
chr1	150	180	CPG_3	chr1	130	180	exon_3
chr1	200	250	CPG_3	chr1	200	280	exon_4

可以看出，加上-wb参数后，除了输出A中的overlap区域外，还会输出B中的整个区间

加上-wa, -wb 参数，再次运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wa -wb

结果为：

chr1	20	70	CPG_1	chr1	10	40	exon_1
chr1	20	70	CPG_1	chr1	50	60	exon_2
chr1	150	250	CPG_3	chr1	130	180	exon_3
chr1	150	250	CPG_3	chr1	200	280	exon_4

可以看出，同时添加-wa和-wb参数会将overlap 区域成对输出

-c参数，统计A中每个区域与Boverlap的次数

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -c

结果为：

chr1	20	70	CPG_1	2
chr1	100	120	CPG_2	0
chr1	150	250	CPG_3	2

-v参数：只输出A中没有与Boverlap的区域

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -v

结果为:

chr1	100	120	CPG_2

可以看出，只要只要与B有overlap就不输出。