附录2：CEL文件格式

一、版本3


描述

version
版本号，设为3

Cols
列数

Rows
行数

TotalX
和Cols一样

TotalY
和Rows一样

OffsetX
无用，设置为0

OffsetY
无用，设置为0

GridCornerUL
左上角的XY坐标

GridCornerUR
右上角的XY坐标

GridCornerLR
右下角的XY坐标

GridCornerLL
左下角的XY坐标

Axis-InvertX
无用，设置为0

Axis-InvertY
无用，设置为0

swapXY
无用，设置为0

DatHeader
DAT文件的头部，包含了cdf型号

Algorithm
用来生成CEL文件的算法

AlgorithmParameters
算法参数

[INTENSITY]

NumberCells
Cell的数目，等于Rows*Cols

CellHeader
X Y MEAN STDV NPIXELS

NA
这部分每一行是一个Cell的数据，包括Cell的X坐标、Y坐标、平均荧光强度值，方差、用了多少像素来计算这个平均值。共NumberCells行

[MASKS]

NumberCells
Masked Cell的数目

CellHeader
X Y

NA
这部分每一行是一个Masked Cell的数据，包括Masked Cell的X坐标、Y坐标

[OUTLIERS]

NumberCells
Outlier Cell的数目

CellHeader
X Y

NA
这部分每一行是一个Outlier Cell的数据，包括Outlier Cell的X坐标、Y坐标

二、版本4


描述
数据类型
C语言读取方法

Magic number
幻数，设为64
int
fread_int32

Version number
版本号，设为4
int

Number of columns
列数
int

Number of rows
行数
int

Number of cells
Cell的数目，等于行数*列数
int

Header length
头部的长度
int

Header
头部
char，长度是Header length
fread

Algorithm name length
算法名的长度
int
fread_int32

Algorithm name
算法名
char，长度是Algorithm name length
fread_char

Algorithm parameters length
算法参数长度
int
fread_int32

Algorithm parameters
算法参数
char，长度是Algorithm parameters length
fread_char

Cell margin
计算Cell强度的余量
int
fread_int32

Number of outlier cells
Outlier Cell的数目
DWORD
fread_uint32

Number of masked cells
Masked Cell的数目

Number of sub-grids
子网格的数目
int
fread_int32

Cell entries

每个Cell的数据包括intensities、stddev、npixels，共Number of cells个Cell
强度intensities
float
fread_float32

方差stddev

像素npixels
short
fread_int16

Masked entries

每个Masked Cell的数据包括X坐标、Y坐标，共Number of masked cells个Masked Cell
X

Y

Outlier entries

每个Outlier Cell的数据包括X坐标、Y坐标，共Number of outlier cells个Outlier Cell
X

Y

Sub-grid entries

每个Sub-grid的数据包括14项，共sub-grids个Sub-grid
row number
int
fread_int32

column number

upper left x coordinate in pixels
float
fread_float32

upper left y coordinate in pixels

upper right x coordinate in pixels

upper right x coordinate in pixels

lower left x coordinate in pixels

lower left y coordinate in pixels

lower right x coordinate in pixels

lower right x coordinate in pixels

left cell position
int
fread_int32

top cell position

right cell position

bottom cell position

三、版本1


描述
数据类型
C语言读取方法

Magic number
幻数，设为59
unsigned char
fread_be_uchar

Version
版本号，设为1

n_data_groups
数据的组数
int
fread_be_int32

data_type_id_len
数据类型编号的长度
fread_be_int32

data_type_id
数据类型编号，
char ，长度是data_type_id_len
fread_be_char

unique_file_id_len
文件编号长度
int
fread_be_int32

unique_file_id
文件编号
char ，长度是unique_file_id_len
fread_be_char

Date_time_len
日期长度
int
fread_be_int32

Date_time
日期
char，长度是Date_time_len
fread_be_uint16

locale_len
int
fread_be_int32

locale
char，长度是locale_len
fread_be_int32

n_name_type_value
name_type_value的长度
int

name_type_value，每个name_type_value的数据有6项，共n_name_type_value个name_type_value当name为affymetrix-array-type的时候，对应的value就是CDF型号了
name_len
int
fread_be_int32

name
char，长度为name_len
fread_be_uint16

value_len
int
fread_be_int32

value
char，长度为value_len
fread_be_char

type_len
int
fread_be_int32

type
char，长度为type_len
fread_be_uint16

n_parent_headers（决定了某个方法的递归次数）
int
fread_be_int32

file_position_nextgroup
unsigned int
fread_be_uint32

file_position_first_data

n_data_sets
int
fread_be_int32

data_group_name_len
int
fread_be_int32

data_group_name
char，长度为data_group_name_len
fread_be_uint16

file_pos_first
unsigned int
fread_be_uint32

data_set_name_len
int
fread_be_int32

data_set_name
char，长度为data_set_name_len
fread_be_uint16

n_name_type_value
int
fread_be_int32

ncols
探针数目
unsigned int
fread_be_uint32

col_name_type_value_name_len
int
fread_be_int32

col_name_type_value_name
char，长度为col_name_type_value_name_len
fread_be_uint16

col_name_type_value_type
unsigned char
fread_be_uchar

col_name_type_value_size
int
fread_be_int32

data_set，存储探针强度的数据集，根据col_name_type_value_type的值确定data_set是哪种数据类型。data_set共包含ncols个数据
col_name_type_value_type为0
char
fread_be_char

col_name_type_value_type为1
unsigned char
fread_be_uchar

col_name_type_value_type为2
short
fread_be_int16

col_name_type_value_type为3
unsigned short
fread_be_uint16

col_name_type_value_type为4
int
fread_be_int32

col_name_type_value_type为5
unsigned int
fread_be_uint32

col_name_type_value_type为6
float
fread_be_float32
时间： 2024-12-28 08:38:46

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