Near-optimal RNA-Seq quantification https://pachterlab.github.io/kallisto

kallisto

kallisto是一个用高通量测序片段从ＲＮＡ序列或更为普遍的目标序列中量化转录丰富度的一个程序。它是基于伪对齐的新的数据，用于快速确定reads目标，而无需alignment。在标准的ＲＮＡ序列数据中，kallisto能够在mac系统上用不到十分钟的时间构建索引，用不到三分钟的时间量化（也就是分类）３千ｗ人类的reads。reads伪对齐保留关键信息需要量化，并且kallisto不仅速度快，而且比现有的量化工具准确。事实上，由于伪对齐的过程是对reads出错上的健壮性，在许多基准中kallisto显著优于现有的工具。

kallisto能够用sleuth量化RNA序列分析。