差异表达分析-无参

1. RSEM的安装和使用：

$ tar -xzf RSEM-1.3.0.tar.gz

$ cd RSEM-1.3.0

$ make

$ make install

$ echo ‘PATH=$PATH:/.../‘ >> ~/.bashrc

$ source ~/.bashrc

$ extract-transcript-to-gene-map-from-trinity trinity.fa gene_map （可选，转录本和基因都做）

$ rsem-prepare-reference --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity

$ rsem-prepare-reference --transcript-to-gene-map ene_map --bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity（可选，转录本和基因都做）

$ rsem-calculate-expression -p 48 --paired-end --bowtie2 read1.fq read2.fq ref_trinity sample.name

$ rsem-plot-model sample.name sample.name.diagnostic.pdf （可选，看一些统计）

2. edgeR的安装和使用：

一、Trinity附带使用，要求装R并运行R：

$ source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

$ biocLite("edgeR")

$ biocLite("DESeq")

$ biocLite("ctc")

$ install.packages(‘gplots’)

$ install.packages("ape")

合并RSEM结果

$ merge_RSEM_output_to_matrix --mode counts --rsem_files sampleA.esults sampleB.results ... > samples.matrix （Trinity）

$ rsem-generate-data-matrix sampleA.results sampleB.results ... > samples.matrix （RSEM）

建立samples_described.txt

cond_A sampleA
     cond_A sampleB
     cond_B sampleC
     cond_B sampleD

$ run_DE_analysis.pl --matrix samples.matrix --method edgeR --samples_file samples_described.txt

原文地址：https://www.cnblogs.com/shawn2018/p/9093714.html