rJava是Java通过JRI调用R所要安装的包。配置起来比较麻烦，我参考网上进行配置，使用rJava包中example里面的示例测试，控制台显示：
Cannot find JRI native library! Please make sure that the JRI native library is in a directory listed in java.library.path.
java.lang.UnsatisfiedLinkError: D:\developmentTools\R-3.1.1\library\rJava\jri\jri.dll: Can‘t load IA 32-bit .dll on a AMD 64-bit platform
意思是JVM不能加载32位的 .dll文件。我就反复修改，最终经过多次尝试终于成功了。下面介绍我是如何安装和配置的。
1.下载rJava.
下载和安装rJava很简单，只需要，在R中输入install.packages("rJava"),然后选择需要安装的镜像即可。如下图：
我选择的是China(Beijing 2)。选择后就会自动安装了。
下载完成后在Ｒ主目录的library目录中会多出一个rJava目录，这就是刚才下载的rJava包。
2.配置环境变量：
首先新建系统变量 变量名为R_HOME， 变量值为安装Ｒ的主目录，例如我的是：D:\developmentTools\R-3.1.1，这个需要根据自己的目录进行修改。然后在CLASSPATH变量中直接添加 %R_HOME%\library\rJava\jri\JRI.jar; 注意多个变量要用分号隔开， 下面的步骤很关键。在下载的rJava包中同时包含32位和64位的文件，要根据你的JVM是32位还是64位来选择。如下图：
jri文件夹中有i386（表示32位）和x64（表示64位）两个文件夹，里面分别放置的是32位和64位的jri.dll。jri文件夹中也有jri.dll这个文件,但其默认是32位的（可根据大小区分，64位的更大），如果你JVM是64位的，则需要用x64文件夹中的同名文件替换掉它。我的JVM是64位的，网上很多都是按照32位来讲的，所以我一直没成功。替换后成功了。然后再配置Path变量，在path变量中添加： %R_HOME%\bin\x64;%R_HOME%\library\rJava\jri; 。（如果你JVM是32位的， x64改为i386)
3.测试。
可使用rJava包中的示例进行测试，注意要添加JRI.jar, JRIEngine.jar, REngine.jar三个包文件。