ENIGMA DTI Protocol之详细步骤三

ROI extraction from FA images

　　这一步主要是从FA图像中计算出每个ROI的FA值。

1 下载连接中的文件：http://enigma.ini.usc.edu/wp-content/uploads/2012/06/ROIextraction_info.zip，解压该文件，名将ROIextraction_info文件夹移动到FA_individ同一目录下

2  新建一个文件并命名为run_ROI_part1.sh，代码如下：

mkdir ENIGMA_ROI_part1
dirO1=./ENIGMA_ROI_part1/

for subj in {1..89}

do
./ROIextraction_info/singleSubjROI_exe ./ROIextraction_info/ENIGMA_look_up_table.txt ./ROIextraction_info/mean_FA_skeleton.nii.gz ./ROIextraction_info/JHU-WhiteMatter-labels-1mm.nii.gz ${dirO1}/subject${subj}_ROIout ./FA_individ/subject${subj}/stats/subject${subj}_masked_FAskel.nii.gz

done

　　运行该脚本，将得到89个subject*_ROIout.csv文件，并存放在ENIGMA_ROI_part1文件夹内。

3  新建一个文件并命名为run_ROI_part2.sh，代码如下

mkdir ENIGMA_ROI_part2
dirO1=./ENIGMA_ROI_part1/
dirO2=./ENIGMA_ROI_part2/

# you may want to automatically create a subjectList file
#    in which case delete the old one
#    and ‘echo‘ the output files into a new name
rm ./subjectList.csv

for subj in {1..87}

do
./ROIextraction_info/averageSubjectTracts_exe ${dirO1}/subject${subj}_ROIout.csv ${dirO2}/subject${subj}_ROIout_avg.csv

# can create subject list here for part 3!
echo ${subject},${dirO2}/${subject}_ROIout_avg.csv >> ./subjectList.csv
done

　　运行该脚本，将得到89个subject*_ROIout_avg.csv文件，并存放在ENIGMA_ROI_part2文件夹内。这一步主要是对有左右分区的ROI求均值。

此时，run_tbss文件夹的内容如下：

4 将所有病人的ROI信息整合到一个csv文件中

（1）安装R包：Download and install ‘R’ http://cran.r-project.org/

（2）新建一个文件并命名为ALL_Subject_Info.txt，该文件主要记录了病人的相关信息，ROIextraction_info文件夹内提供了示例：

（3）新建一个文件并命名为run_ROI_part3.sh，代码如下

#######
## part 3 - combine all
#######
Table=./ALL_Subject_Info.txt
subjectIDcol=subjectID
subjectList=./subjectList.csv
outTable=./combinedROItable.csv
Ncov=2
covariates="Age;Sex"
Nroi="all" #2
rois="IC;EC"

#location of R binary
Rbin=/usr/bin/R

#Run the R code
${Rbin} --no-save --slave --args ${Table} ${subjectIDcol} ${subjectList} ${outTable} ${Ncov} ${covariates} ${Nroi} ${rois} <  ./combine_subject_tables.R  

将ROIextraction_info文件夹中的ALL_Subject_Info.txt, subjectList.csv, combine_subject_tables.R移动到与ENIGMA_ROI_part2同一目录下，并执行该脚本，输出结果见ENIGMA DTI Protocol之详细步骤一。