搭建高性能计算环境（四）、应用软件的安装之Amber12

应用软件通常安装在/opt目录下，这样系统中的各个用户都能方便使用，下面的软件都将安装到/opt目录。

1，上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。

2，进入/opt目录，解压缩AmberTools、Amber到当前目录。

tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2

tar xvf ~/Amber12.tar.gz

3，在线更新，打补丁(需要联网)

cd /opt/amber12

export AMBERHOME=/opt/amber12/

./update_amber --update

若出现提示：

updater.py has found a patch to itself... I am quitting now so
future updates will apply with the fixed script.

Run this script again to get all updates.

则再次运行 ./update_amber --update，直到所有补丁更新完毕。

4，安装串行版本

make clean

./configure intel

make install

make test  (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)

5，安装并行版本

make clean

./configure –mpi intel

make install

export  DO_PARALLEL=‘mpirun –np 4’

make test  (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)

6，安装GPU版本（单GPU）

make clean

./configure -cuda intel

make install

make test.cuda (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)

7，安装GPU版本 (多GPU)

make clean

./configure –cuda –mpi intel

make install

export DO_PARALLEL=‘mpirun -np 2‘

cd test

./test_amber_cuda_parallel.sh (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)

8，设置环境变量，需要重新登陆后生效。

在/etc/profile文件末尾添加如下行：

export AMBERHOME=/opt/amber12
export PATH=$AMBERHOME/bin:$PATH

9，运行测试算例，验证正确安装

解压缩Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz

cd  Amber_GPU_Benchmark_Suite/PME/Cellulose_production_NVE

使用CPU版测试：

mpirun -np 20  $AMBERHOME/bin/pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时：2856秒，ns/day:0.61。

使用单GPU版测试：

$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时：332秒，ns/day:5.22。

使用多GPU版测试：

mpirun -np 2  $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时：278秒，ns/day:6.20。