1. 下载与安装
1.1 下载
Doxygen官方安装程序及其手册下载地址，目前使用版本为1.8.8。
安装程序：http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/download.html
图 1-1 Doxygen安装程序下载界面
在线帮助：http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/manual
图 1-2 Doxygen帮助文档下载界面
GraphViz Doxygen官方安装下载地址及其在线帮助地址，目前使用版本为2.38。
安装程序：http://www.graphviz.org/pub/graphviz/stable/windows/
图 1-3 GraphViz安装程序下载界面
在线帮助：http://www.graphviz.org/Documentation.php
图 1-4 GraphViz在线帮助界面
1.2 安装
以上两个安装程序可以任意安装，但是一定要记住Graphviz的安装路径，Doxygen的设置中要使用此路径以生成调用关系图。
2. Doxygen配置与使用
2.1 基础配置
Doxygen的配置向导可以完成项目路径、工作模式、输出文档、图片工具四个方面的简要配置。
在图2-1中展示了项目路径配置的相关内容：其一，可以设置项目的名称、概述、版本号和项目标志；其二，可以设置源代码所在路径，递归扫描指是否将子文件夹加入源码搜索路径；其三，可以设置代码文档的输出路径，html、rtf等不同格式的代码文档以相应的文件夹存储在此路径之下。
图 2-1 项目配置
在图2-2所示的工作模式配置中，可以设定代码文档中的内容，即包括所有实体还是仅包括标记的实体。除此之外，还要手动选择Doxygen的运行时优化方案，这里选择了针对C语言和PHP的优化选项。
图 2-2 工作模式配置
在图2-3中，选择了输出HTML和RTF格式的代码文档，其中还可以设置HTML代码文档的输出内容，包括纯HTML文档、左侧带有导航树的HTML文档以及CHM文件支持，还可以更改HTML文档的配色方案。
图 2-3 输出代码文档设置
在图2-4所示的界面中，可以自由设置输出文档中是否含有图片、使用Doxygen内置图片工具生成图片、使用GraphViz生成图片三种方式。
图 2-4 图片工具设置
2.2 高级配置
高级配置是对基础配置的进一步细化，以形成不同风格的注释文档。由于涉及参数较多，本文并未给出所有参数的说明，这里仅介绍重要的参数，未尽部分还请读者自行阅读窗口左侧靠下的参数说明（详见图 25左侧红色矩形框所标识的区域）。
图2-5～图2-7完成了项目的详细配置，请注意输出语言一定要选择Chinese，一定要勾选图2-6中的JAVADOC_AUTOBRIEF选项和图2-7中的MARKDOWN_SUPPORT、AUTOLINK_SUPPORT选项，依次表示支持JavaDoc风格注释、Markdown标记方法、注释实体自动链接三种功能。
图 2-5 项目配置一
图 2-6 项目配置二
图 2-7 项目配置三
图2-8中则展示了Doxygen运行时所抽取的内容，一般采用默认设置，也可结合需求根据参数说明自行修改。
图 2-8 代码文档中包含的内容
在图2-9中，用户可以自定义Doxygen的运行日志所显示的内容与方式，可以通过运行日志检查注释的正误。
图 2-9 Doxygen运行日志的显示内容和格式
图2-10和图2-11依次说明了源码搜索路径、示例代码搜索路径和外部图片搜索路径的设置，这里一定要注意源码的编码格式设置为GBK。一旦文件编码格式有误，代码文档中就会出现乱码。
图 2-10 输入设置一——源码路径与编码格式
图 2-11 输入设置二——示例代码和图片的搜索设置
可以通过图2-12实现代码文档与源文件之间的交叉引用，方便阅读，一般使用默认设置。
图 212 源码与文档交叉引用设置
利用图2-13中索引方法设置，可以实现代码文档中的各注释对象的出现顺序，即按照字母顺序或者先后顺序显示。
图 2-13 索引方法设置
图2-14和图2-15分别展示了HTML文档、CHM文档的设置方法，其中CHM文档的生成需要HHC编译器，一般的路径为C:\Program Files\HTML Help Workshop。
图 2-14 HTML文档设置
图 2-15 CHM文档设置
代码的RTF文档设置如图图2-16，如果是小型项目最好勾选COMPACT_RTF选项，据说可以使得文档更紧凑。如果选中RTF_HYPERLINKS选项，则在RTF文档中会以链接的形式显示注释的对象。另外，如果RTF文档中的页码不能正常显示，请使用WORD中的更新域的命令更新文档即可。
图 2-16 RTF文档设置
通过图2-17所示的界面，在选择了GraphViz的路径之后，可以设置GraphViz生成图片的种类。
图 2-17 GraphViz的图片选项和路径设置
至此，已经完成Doxygen的所有设置，可以利用【File】和【Settings】菜单保存现有设置、导入已有配置等功能。
2.3 运行Doxygen
Doxygen的运行界面如图2-18所示，可以在该界面生成代码文档、显示结果和配置文件、保存日志等功能。
图 2-18 Doxygen的运行界面
请注意，如果Doxygen的运行窗口出现错误或者警告，请仔细阅读并找出问题所在，修改注释后即可。
另外，再次申明：如果RTF文档中不能正确显示页码，请对整篇文档使用"更新域"操作。