[转记]MAFFT多重序列比对图解教程
【絮语】
一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。
PS: 不同比对软件的比较，有兴趣的童鞋可以下载这篇文章看看：Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008
MAFFT官方网站：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
支持平台：Mac OS X 、Linux、Windows
Windows 32位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win32.zip，64位版本：http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.037-win64.zip，请根据自己操作系统选择相应版本下载。
图1 MAFFT主界面
简明操作流程：
1.载入序列文件 将FASTA格式的待比对序列文件（如：TMV.fas） 复制MAFFT的根目录下（当然也可以放任意位置，只有找得到），双击“mafft.bat”启动MAFFT，此时提示输入文件（Input file?），在@后面输入示例的TMV.fas，也可以直接将文件拖入窗口（注意有个+，说明当前是拖放状态），如下图所示：
加载后回车，当显示“OK”时说明载入文件成功。
2.设置输出信息
输出文件名称自定义，扩展名任意，这里保留原扩展名，输出文件名为TMV-out.fas，确定后回车。
输出文件格式，建议用3或4，这里在@后输入4后回车，此时出现 MAFFT三种主要比对策略的5个选项，如下图：
当你无法确定时候，建议用第1种的--auto模式，让MAFFT根据序列的特点自动选择相应的比对策略，输入1后回车。
当不需要附带参数时，直接回车。
3.开始多重比对
一切设置完毕，输入“Y”回车，程序自动开始比对。
当出现输出文件名，说明比对完成。
4.后续着色美化 详见附录，不再赘述
附：多重序列比对的后期着色渲染
（1） Boxshade （黑白着色），在线网址：http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html相关使用教程，请网上搜索本人写的《序列着色软件Boxshade图解教程（by raindy）》；
（2） ESPript 彩色着色，在线网址：http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi，效果图：
（3）TeXShade 自定义着色，详见日志： http://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1367885081
附: 多序列比对的可视化显示
可能因为毕业论文内容论文需要，最近很多人都找我帮忙将clustal的序列比对文件结果可视化，现将TEXshade软件包能做出来的可视化效果分享给各位同学，因为使用TEXshade涉及到了一些LATEX知识，所以需要更深入的了解如何运作请给我留言或者私聊，此文仅将软件能做出的效果展示，虽然其实软件很简单，但不做具体使用说明，我的风格通常是授人以鱼，不授人以渔。
最简单的莫过于纯粹的多序列比对排版，跟某些同学论文里面用Word排版的效果类似（word里面需要用等宽字体），效果类似如下：
如果稍微加点效果可能就变成了如下的样子，我们将相同的氨基酸标记出来：
当然，TEXshade能做的不仅仅是这些，下面这张图我们标记了其中的几个关键位置，去掉了右侧的“ruler”
好像这个样子就有点乱了
下面这幅就更详细一点了，我用不同的颜色代表了不同的conservation
很多情况下，我们只想呈现多序列中的某些突变位点，其实也可以很好的表达
如果将T-Coffee 的 score_ascii 文件一并输入TEXshade，效果我觉得很帅气
我遇到过很多可视化表达各种结构域的例子，下面的表示是不是很帅呢？
下面是另外的一些功能实例
下面的被称为Sequence fingerprints，其实加上fingerprint命令就可以直接出图了。
很早的时候，看到序列的LOGO图觉得很帅气，下面的Logo图你见过么？
下面再给大家分享几个例子，其实TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向认为，只要人能想得出，数据可视化就能做得到。
所属相册：数据可视化
其实很多人都会觉得这么漂亮的图肯定做出来很复杂，其实TEXShade需要的很简单，输出上面的结果其实也就是几分钟的事情，前提是需要你准备好需要展示的序列，记录好要标注的位置就OK！
例如：对于下面这个看似复杂的可视化结果，其实我们需要的代码很少，只需要5行代码就足够了！
上图对应的TEX代码：
第一行指定了我们的输入文件，通常是比对的结果文件
第二行是指定了TEXshade的显示模式，这里用根据 不同 functional groups的chemical properties标注颜色
第三行是表示只显示第一条序列（AQP1.PRO）138-170个碱基范围
第四号表示显示 legend
第五行表示代码结束
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