[samtools] 文本查看语法,浏览SNP/INDEL位点

  santools可以作为文本查看工具,查看比对结果文件,下面做一简单介绍:

  1. 通过BWA比对获取sam比对文件,也可以将fastq文件转化为bam/sam文件;

  2. 转换sam文件为bam文件,samtools view -bS seq.sam > seq.bam

  3. 对bam文件进行排序,samtools sort seq.bam -o seq.sorted.bam

  4. 对bam文件进行index,samtools index seq.sorted.bam

  5. 查看比对结果文件,samtools tview seq.sorted.bam ref.fasta

注:

  所有的帮帮助说明都可以在官方网站查阅:

  http://www.htslib.org/doc/samtools.html

  https://github.com/samtools/hts-specs

时间: 2024-11-03 22:02:09

[samtools] 文本查看语法,浏览SNP/INDEL位点的相关文章

5、提取snp indel 位点

le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site

Linux基础文本查看命令之 cat,tac,more,less,head,tail

在使用linux的过程中多多少少都会涉及到文本的操作,因此掌握一些文本操作的工具命令能大大的提高我们的工作效率. cat命令 cat命令的用途是链接文件或标准输入并打印.这个命令常用来显示文件内容,或者将几个文件连接起来显示,或者是从标准输入读取内容并显示,它常与重定向符号配合使用. 1)命令格式 cat    [选项]    [FILENAME] 2)命令功能 将文件或标准输入组合输出到标准输出. 3)命令参数 -E:在每行结束处显示 $ -n:对输出的所有行编号 -s:不输出多行空行 4)常

linux学习之路及文本查看和文本处理命令

这一篇主要介绍几个常用的文本查看命令和文本处理命令. 首先介绍文本查看命令 cat:用于连接文件并显示 说明:当只有一个文件时,则用于查看文件内容:当有多个文件时,cat命令会将这些文件连接起来,在一起显示出来 语法格式:cat [option] FILE... -n:显示内容的时候把行号显示出来 -E:显示每一行的结束符$符(默认不显示) tac:也是用于显示文件内容,只不过他是将文件的内容倒过来显示,与cat相反 -n:显示行号 -E:显示每一行结尾的结束符$ 分屏操作命令 more与les

grep文本查看工具及正则表达式

grep文本查看工具及正则表达式 grep:搜索及过滤文本工具: (根据用户所指定的"模式"搜索,过滤条件"对目标文件进行过滤性匹配):grep自带正则表达式引擎工具. 所谓模式:由正则表达式所得元字符及普通文本字符所编写出来的过滤条件"模式" grep:三种支持模式: grep:基本正则表达式 egrep:支持扩展正则表达式 fgrep :不支持正则表达式 三种支持模式因其可以(grep -E:切换扩展,egrep-G:切换基本,分别有以-F切换fgre

linux系统常用的文本查看及处理命令

常用的文本查看及处理命令 1.cat命令 (1)作用 连接文件并打印到标准输出设备上,cat经常用来显示文件的内容. (2)用法 1):用法:cat  (选项) 文件 2):常用选项 -n或-number:有1开始对所有输出的行数编号: -b或--number-nonblank:和-n相似,只不过对于空白行不编号: -s或--squeeze-blank:当遇到有连续两行以上的空白行,就代换为一行的空白行: -A:显示不可打印字符,行尾显示"$" -E:显示行结束符$ (3)案例: [[

Linux常用命令-文本查看篇

前言 Linux常用命令中,除了cat还有很多其他用于文本查看的命令.本文将简单介绍一下这些文本查看的命令. 全文本显示--cat cat可能是常用的一个文本查看命令了,使用方法也很简单: cat file  #全文本显示在终端cat -n file #显示全文本,并显示行号 另外,cat也可用作合并文件: cat file1 file2 >file3 该命令将file1 file2的内容合并写到file3中. 倒序显示全文本--tac tac是cat倒过来的写法,tac以行为单位,倒序显示全文

文本查看和处理命令

文本查看命令:hexdump,od,cat,tac,head,tail,more,less 文本处理命令:tr,cut,wc,sort,uniq,rev,colrm,paste,diff,path 文本查看命令 hexdump 查看文件,并以ASCII码或者十六进制(hexadecimal),十进制(decimal),八进制(octal)显示 hexdump [options] file... -b 单字节八进制显示 -c 单字节字符显示 -C 输出规范的十六进制和ASCII码 -d 两字节十进

Linux中关于文本查看和处理的常用命令

            Linux中关于文本查看和处理的常用命令 一.学习目标         掌握以下命令:             查看文本: cat .tac.more.less.head.tail             文本处理:cut.sort.uniq.wc.tr 二.查看文本命令        cat : 连接并显示文本 cat [options] file,... -n :显示行号 -E :显示结束符$ more :分屏查看文件 space键: 向后翻一屏 b键:向前翻一屏 e

Linux基础之文本查看命令(cat,tac,rev,head,tail,more,less)

Linux中我们总会有查看文本某些内容的时候,如果我们仅因为查看文本就使用vi进去文件又增加了不少额外的操作不方便.下面介绍一些文本查看命令,大家看后应该会有所帮助 cat cat - concatenate files and print on the standard output 表达格式:cat [OPTION]... [FILE]... 常用选项: -A:显示所有控制符 -n:显示行数 -E:显示行结束符 下面以几个例子来具体说明cat及其选项的使用 实验目录/test  文本/tes