Amber中的一些option设置

The settings can be summarized as follows:

imin=1        Choose a minimization run

ntx=1        Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file

irest=0        Do not restart simulation

maxcyc=2000    Maximum minimization cycles

ncyc=1000      The steepest descent algorithm for the first 0-ncyc cycles, the switches the conjugate gradient algorithm for ncyc-maxcyc cycles

ntpr=100       Print to the Amber mdout output file every ntpr cycles

ntwx=0       No Amber mdcrd trajectory file written (not applicable to minimization)

cut=8        Nonbonded cutoff distance in Angstroms (for PME, limit of the direct space sum - do NOT reduce this below 8.0. Higher numbers give slightly better accuracy but at vastly increased computational cost.)

imin=0       Choose a molecular dynamics (MD) run [no minimization]

nstlim=10000    Number of MD steps in run (nstlim * dt = run length in ps)

dt=0.002       Time step in picoseconds (ps). The time length of each MD step

ntf=2        Setting to not calculate force for SHAKE constrained bonds

ntc=2        Enable SHAKE to constrain all bonds involving hydrogen

tempi=0       Initial thermostat temperature in K (see NMROPT section)

temp0=300.0      Final thermostat temperature in K (see NMROPT section)

ntwx=1000       Write Amber trajectory file mdcrd every ntwx steps

ntb=1        Periodic boundaries for constant volume

ntp=0        No pressure control

ntt=3        Temperature control with Langevin thermostat

gamma_ln=2.0     Langevin thermostat collision frequency

nmropt=1      NMR restraints and weight changes read (see NMROPT section)

ig=-1        Randomize the seed for the pseudo-random number generator [always a good idea unless you are debugging a simulation problem]

ntx=5        Read coordinates and velocities from unformatted inpcrdcoordinate file

irest=1         Restart previous MD run [This means velocities are expected in the inpcrd file and will be used to provide initial atom velocities]

temp0=300.0      Thermostat temperature. Run at 300K

ntb=2        Use periodic boundary conditions with constant pressure

ntp=1        Use the Berendsen barostat for constant pressure simulation

Some of the important values include in .out file:

NSTEP        The time step that the MD simulation is at

TIME           The total time of the simulation (including restarts)

TEMP          System temperature

PRESS         System pressure

Etot           Total energy of the system

EKtot         Total kinetic energy of the system

EPtot         Total potential energy of the system

原文地址:https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9142229.html

时间: 2024-10-12 11:27:24

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