./include/caffe/common.hpp:4:32: fatal error: boost/shared_ptr.hpp: 没有那个文件或目录
所有类似于上面的错误，都可以用如下格式来解决：
解决方案：出现该错误的原因是少了依赖。
在命令行输入：
$ sudo apt-get install --no-install-recommends libboost-all-dev
即可解决。
解决办法是依据出现错误的顺序而给出的，为了方便，可以直接先执行所有解决办法后再安装caffe。
1. ./include/caffe/common.hpp:5:27: fatal error: gflags/gflags.h: No such file or directory
解决办法：sudo apt-get install libgflags-dev
2. ./include/caffe/util/mkl_alternate.hpp:14:19: fatal error: cblas.h: No such file or directory
解决办法：sudo apt-get install libblas-dev
3. ./include/caffe/util/hdf5.hpp:6:18: fatal error: hdf5.h: No such file or directory
解决办法：在Makefile.config找到以下行并添加蓝色部分
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-Linux-gnu/hdf5/serial
4. ./include/caffe/util/db_lmdb.hpp:8:18: fatal error: lmdb.h: No such file or directory
解决办法：sudo apt install liblmdb-dev
5. /usr/bin/ld: cannot find -lcblas
/usr/bin/ld: cannot find -latlas
解决办法：sudo apt install libatlas-base-dev
6. caffe /usr/bin/ld: 找不到 -lhdf5_hl
打开Makefile,将第181行的：
LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_hlhdf5
改为：
LIBRARIES += glog gflags protobuf boost_system boost_filesystem m hdf5_serial_hl hdf5_serial opencv_core opencv_highgui opencv_imgproc opencv_imgcodecs
这里的改动是为了避免出现hdf5.h错误。
7. caffe 找不到hdf5_hl
laiyuanyu http://blog.csdn.net/autocyz/article/details/51783857
//重要的一项
将# Whatever else you find you need goes here.下面的
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib
修改为：
INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial
LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
//这是因为ubuntu16.04的文件包含位置发生了变化，尤其是需要用到的hdf5的位置，所以需要更改这一路径
cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
\\然后根据情况执行下面两句：
sudo ln -s libhdf5_serial.so.10.1.0 libhdf5.so
sudo ln -s libhdf5_serial_hl.so.10.0.2 libhdf5_hl.so
7.
python/caffe/_caffe.cpp:1:52: fatal error: Python.h: No such file or directory
#include <Python.h> // NOLINT(build/include_alpha)
遇到此类问题基本是caffe找不到python，因此在make py之前反复确认下anaconda或python所在目录是否存在。
因此需要修改。
本人一直遇到的问题就是因为anaconda安装后 默认的名字为 anaconda2 8.ImportError: /home/meyer/anaconda2/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20‘ not found (required by /home/meyer/cz/caffe-master/python/caffe/../../build/lib/libcaffe.so.1.0.0) http://blog.csdn.net/lwgkzl/article/details/77658269
原文地址：https://www.cnblogs.com/xiaochouk/p/12090862.html